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Characterization of Human Immunodeficiency Virus type 1 (HIV-1) in a cohort of recently infected persons from the State of São Paulo by full genome sequencing

Processo: 06/50096-0
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Data de Início da vigência: 01 de junho de 2006
Data de Término da vigência: 31 de janeiro de 2010
Área de conhecimento:Ciências da Saúde - Medicina - Clínica Médica
Pesquisador responsável:Ricardo Sobhie Diaz
Beneficiário:Sabri Saeed Mohammed Ahmed Al-Sanabani
Instituição Sede: Escola Paulista de Medicina (EPM). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus São Paulo. São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:04/15856-9 - Análise prospectiva das características virológicas e imunológicas em indivíduos com infecção recente pelo HIV-1 das cidades de São Paulo e Santos, SP, AP.TEM
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Full Length Genome | Hiv-1 | Recenty Infected | Recombination | Sao Paulo | Subytpes

Resumo

The tremendous genetic variability of HIV has a direct impact on the development of molecular diagnostic tests and is a serious hurdle that confronts research in the development of a vaccine to counter the virus. It is therefore important to monitor the distribution and dynamics of HIV subtypes to avoid vaccination failure and a pitfall for molecular diagnostics The main objective of the current study is to characterize HIV-1 virtually full-length genome in a well-characterized cohort of individuals with recently acquired HIV-1 infection from the state of Sao Paulo. A total of EDTA-blood from 150 individuals with recently acquired HIV-1 infection on the bases of criteria established by other study will be enrolled. Amplification of proviral DNA from PBMC will be carried out by nested PCR according to the protocol established in our laboratory and supposes to result in 5 overlapping DNA fragments covering nearly full-length HIV-1 genome. Products will be sequenced and each sequence will be processed through phylogenetic analysis. Information on sequence alignment, evolution, cohort statistics, host genetic background, epitope mapping, clinical, immunological, and epidemiological data will be cross-referenced to viral sequences to allow for subsequent association studies (AU)

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Publicações científicas (13)
(As publicações científicas contidas nesta página são originárias da Web of Science ou da SciELO, cujos autores mencionaram números dos processos FAPESP concedidos a Pesquisadores Responsáveis e Beneficiários, sejam ou não autores das publicações. Sua coleta é automática e realizada diretamente naquelas bases bibliométricas)
SANABANI‚ S.S.; PASTENA‚ ER; KLEINE NETO‚ W.; BARRETO‚ C.C.; FERRARI‚ K.T.; KALMAR‚ EM; FERREIRA‚ S.; SABINO‚ E.C.; OTHERS. Near full-length genome analysis of low prevalent human immunodeficiency virus type 1 subclade F1 in São Paulo‚ Brazil. VIROLOGY JOURNAL, v. 6, p. 78, . (06/50096-0)
SANABANI, SABRI SAEED; PESSOA, RODRIGO; SOARES DE OLIVEIRA, ANA CAROLINA; MARTINEZ, VANESSA POUZA; GIRET, MARIA TERESA MAIDANA; DE MENEZES SUCCI, REGINA CELIA; CARVALHO, KARINA; TOMIYAMA, CLAUDIA SATIKO; NIXON, DOUGLAS F.; SABINO, ESTER CERDEIRA; et al. . PLoS One, v. 8, n. 5, . (11/09983-1, 04/15856-9, 09/52381-2, 06/50096-0, 10/05845-0)
SANABANI, SABRI SAEED; DE SOUZA PASTENA, EVELYN REGINA; KLEINE NETO, WALTER; BARRETO, CLAUDIA C.; FERRARI, KELLY T.; KALMAR, ERIKA M. N.; FERREIRA, SUZETE; SABINO, ESTER CERDEIRA. . VIROLOGY JOURNAL, v. 6, . (06/50096-0)
ALMEIDA, RAFAEL RIBEIRO; ROSA, DANIELA SANTORO; RIBEIRO, SUSAN PEREIRA; SANTANA, VINICIUS CANATO; KALLAS, ESPER GEORGES; SIDNEY, JOHN; SETTE, ALESSANDRO; KALIL, JORGE; CUNHA-NETO, EDECIO. . PLoS One, v. 7, n. 9, . (08/57881-0, 06/50096-0, 04/15856-9)
VINICIUS CANATO SANTANA; RAFAEL RIBEIRO ALMEIDA; SUSAN PEREIRA RIBEIRO; LUÍS CARLOS DE SOUZA FERREIRA; JORGE KALIL; DANIELA SANTORO ROSA; EDECIO CUNHA NETO. Co-administration of plasmid-encoded granulocyte-macrophage colony-stimulating factor increases human immunodeficiency virus-1 DNA vaccine-induced polyfunctional CD4+ T-cell responses. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz, v. 110, n. 8, p. 1010-1016, . (04/15856-9, 06/50096-0, 08/57881-0)
DUDLEY, DAWN M.; CHIN, EMILY N.; BIMBER, BENJAMIN N.; SANABANI, SABRI S.; TAROSSO, LEANDRO F.; COSTA, PRISCILLA R.; SAUER, MARIANA M.; KALLAS, ESPER G.; O'CONNOR, DAVID H.. . PLoS One, v. 7, n. 5, . (04/15856-9, 06/50096-0)
MAHNKE, YOLANDA D.; SONG, KAIMEI; SAUER, MARIANA M.; NASON, MARTHA C.; GIRET, MARIA TERESA M.; CARVALHO, KARINA I.; COSTA, PRISCILLA R.; ROEDERER, MARIO; KALLAS, ESPER G.. . AIDS, v. 27, n. 5, p. 697-706, . (04/15856-9, 06/50096-0)
SANABANI‚ S.S.; PASTENA‚ ER; NETO‚ W.K.; MARTINEZ‚ V.P.; SABINO‚ E.C.; OTHERS. Characterization and frequency of a newly identified HIV-1 BF1 intersubtype circulating recombinant form in Sao Paulo‚ Brazil. VIROLOGY JOURNAL, v. 7, p. 74, . (04/15856-9, 06/50096-0, 07/04890-0)
SANABANI‚ S.S.; DE SOUZA PASTENA‚ É.R.; DA COSTA‚ A.C.; MARTINEZ‚ V.P.; KLEINE-NETO‚ W.; DE OLIVEIRA‚ A.C.S.; SAUER‚ M.M.; BASSICHETTO‚ K.C.; OLIVEIRA‚ S.M.S.; TOMIYAMA‚ H.T.I.; et al. . PLoS One, v. 6, n. 10, p. e25869, . (04/15856-9, 06/50096-0)
SANABANI, SABRI SAEED; DE SOUZA PASTENA, EVELYN REGINA; KLEINE NETO, WALTER; MARTINEZ, VANESSA POUZA; SABINO, ESTER CERDEIRA. . VIROLOGY JOURNAL, v. 7, . (04/15856-9, 06/50096-0, 07/04890-0)
SANABANI, SABRI SAEED; DE SOUZA PASTENA, EVELYN REGINA; DA COSTA, ANTONIO CHARLYS; MARTINEZ, VANESSA POUZA; KLEINE-NETO, WALTER; SOARES DE OLIVEIRA, ANA CAROLINA; SAUER, MARIANA MELILLO; BASSICHETTO, KATIA CRISTINA; SANTOS OLIVEIRA, SOLANGE MARIA; IWASHITA TOMIYAMA, HELENA TOMOKO; et al. . PLoS One, v. 6, n. 10, . (04/15856-9, 06/50096-0)
SANTANA, VINICIUS CANATO; ALMEIDA, RAFAEL RIBEIRO; RIBEIRO, SUSAN PEREIRA; DE SOUZA FERREIRA, LIUS CARLOS; KALIL, JORGE; ROSA, DANIELA SANTORO; CUNHA-NETO, EDECIO. . Memórias do Instituto Oswaldo Cruz, v. 110, n. 8, p. 1010-1016, . (08/57881-0, 06/50096-0, 04/15856-9)
ALMEIDA, RAFAEL RIBEIRO; RAPOSO, RUI ANDRE SARAIVA; COIRADA, FERNANDA CAROLINE; DA SILVA, JAMILE RAMOS; DE SOUZA FERREIRA, LUIS CARLOS; KALIL, JORGE; NIXON, DOUGLAS F.; CUNHA-NETO, EDECIO. . Immunology and Cell Biology, v. 93, n. 10, p. 868-876, . (08/57881-0, 06/50096-0, 04/15856-9)