Bioinformática aplicada a proteômica quantitativa

• Processo: 04/10213-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2005
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2006
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica
• Pesquisador responsável: Sirlei Daffre
• Beneficiário: Daniel Macedo Lorenzini
• Instituição Sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Bioinformatica | Cromatografia Liguida | Espectrometria | Peptideos | Proteoma

Resumo

Estudos recentes demonstraram o sucesso da aplicação de uma metodologia de análise de proteomas que consiste na digestão com tripsina de um extrato de proteínas em solução seguida pela separação dos peptídeos resultantes por cromatografia líquida e identificação dos mesmos por espectrometria de massas em tandem. A quantificação relativa de um peptídeo em duas amostras é realizada através da comparação das áreas dos seus picos (integração da contagem de íons durante o tempo de eluição do peptídeo). Neste projeto propomos o desenvolvimento de softwares para a automatização do processamento de dados de análises de proteomas baseadas na metodologia descrita acima. Estes softwares deverão realizar o processamento de cromatogramas de LC-MS para localização e quantificação de picos de peptídeos (identificados por softwares disponíveis). Para a quantificação relativa, outro software será desenvolvido para comparação dos picos dos peptídeos idênticos em cromatogramas de amostras diferentes. Uma interface HTML e um banco de dados serão preparados para o armazenamento e a análise dos resultados. (AU)