Validação e anotação de locos SSRs-ESTs no genoma do camarão marinho Litopenaeus vannamei (Crustacea, Decapoda, Penaeidae)

• Processo: 06/07214-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2007
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2008
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
• Pesquisador responsável: Patrícia Domingues de Freitas
• Beneficiário: Bruno César Rossini
• Instituição Sede: Centro de Ciências Biológicas e da Saúde (CCBS). Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR). São Carlos , SP, Brasil
• Assunto(s): Camarão Litopenaeus vannamei Repetições de microssatélites Marcador molecular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Anotacao | Camarao | Litopenaeus Vannamei | Marcadores Moleculares | Microssatelites | Genética Aplicada á Aqüicultura

Resumo

O cultivo de camarões é um importante setor da aqüicultura brasileira. A espécie de maior importância econômica atualmente é a Litopenaeus vannamei, correspondendo a quase 100% do total de camarões cultivados no país. O uso de marcadores moleculares é uma importante ferramenta para estudos genéticos em espécies economicamente viáveis. Dentre estes, os microssatélites vêm sendo especialmente utilizados em estudos de diversidade genética, relações de parentesco entre famílias, mapeamento gênico e identificação de locos relacionados a caracteres economicamente importantes. Recentemente, a conclusão do Projeto Genoma do camarão marinho L. vannamei (ShEST), com núcleo na Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR), caracterizou centenas de Seqüências Simples Repetidas em Seqüências Expressas Marcadas (SSRs-ESTs). A validação e anotação destes locos será extremamente importante para caracterizar marcas moleculares potencialmente úteis para estudos genéticos nesta importante espécie de camarão marinho cultivada no país. Dentro deste contexto, o presente projeto tem como objetivo validar e anotar locos SSRs-ESTs previamente caracterizados no genoma de L. vannamei através de mineração no banco de dados no Projeto ShEST. Para validação dos locos serão utilizados pares de primers obtidos do banco de SSRs do Projeto ShEST, testando-se diferentes reações de PCR em 30 exemplares de L. vannamei. Os locos que produzirem padrão de amplificação satisfatório serão genotipados em MegaBACE 1000 DNA e posteriormente analisados pelo software Genetic Profiler. O processo de anotação destes locos se dará através de acesso ao portal de anotação (www.lge.ibi.unicamp.br/camarao) disponível na homepage do Projeto ShEST. (AU)