Estudo computacional de elementos reguladores de splicing alternativo em larga escala R identificação de novos elementos candidatos

• Processo: 02/05289-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2002
• Data de Término da vigência: 31 de janeiro de 2007
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Sandro José de Souza
• Beneficiário: Noboru Jo Sakabe
• Instituição Sede: Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer (ILPC). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Processamento alternativo Biologia computacional Genoma humano Elementos reguladores de transcrição
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Bioinformatica | Elementos Reguladores | Genoma Humano

Resumo

Splicing alternativo é uma variação do processo que ocorre no núcleo de células eucarióticas para processamento do pré-mRNA (splicing), retirando os introns. Tipos de splicing alternativo são entre outros: uso alternativo de exons, uso alternativo de sítios de reconhecimento de exons, inclusão de introns no mRNA maduro. A regulação do splicing alternativo é dada por elementos no pré-mRNA (em cis) e por fatores celulares (em trans) que se ligam-se aos elementos em cis, favorecendo ou inibindo o recrutamento de exons. A regulação deste processo é extremamente importante, uma vez que isoformas de proteínas estão associadas a processos fisiológicos importantes tais quais certas patologias, a diferentes estágios de desenvolvimento e outros. Além disso, outros aspectos da regulação ainda permanecem desconhecidos ou o conhecimento é anedótico, tal qual o recrutamento em grupo/hierárquico de exons internos, influência do tamanho de introns, exons, e de outras variáveis. Estudos computacionais em larga escala têm muito a contribuir ao permitir analisar uma enorme coleção de dados. Este estudo de bioinformática visa: i-analisar a correlação de elementos regulatórios com os diversos parâmetros mencionados acima e especificidade a tecido/tumor, ii-identificar novas seqüências candidatas à regulação de splicing alternativo. (AU)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

SAKABE, Noboru Jo. Análise de características das seqüencias genômicas relacionadas a eventos de splicing alternativo do tipo retenção de intron no transcriptoma humano. 2007. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Conjunto das Químicas (IQ e FCF) (CQ/DBDCQ) São Paulo.