Identificação e caracterização de lncRNAs e genes codificadores linhagem-específicos em Andropogoneae: padrões comuns de evolução de genes emergentes = Identification and characterization lncRNAs and lineage specific coding genes in Andropogoneae : common patterns of evolution of emerging genes

Autor(es)

Lucas Eduardo Costa Canesin

• Tipo de documento: Dissertação de Mestrado
• Imprenta: Campinas, SP.
• Instituição: Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Biologia
• Data de defesa: 2014-03-31

Membros da banca

Renato Vicentini; Jörg Kobarg; Marcelo Mendes Brandão

• Orientador: Renato Vicentini

Resumo

Recentemente, a análise de dados de genômica comparativa, buscando elucidar melhor a hipótese nula de modelos evolutivos, i.e. evolução neutra, originou uma nova teoria que eleva o tamanho populacional como principal fator evolutivo. Populações pequenas estão sujeitas a forte influência de deriva genética, o que causa o aumento da entropia do genoma. A complexidade genômica, leia-se conteúdo de sequencias informativas, como genes, é então um subproduto do aumento da entropia e a seleção teria então um papel secundário, sobretudo como moduladora do processo evolutivo. Assumindo este modelo, a emergência e degeneração de transcritos linhagem-específicos estão submetidas primariamente a evolução neutra. A transcrição pervasiva, sobretudo em linhagens germinais, é o agente causal do nascimento de genes e a fixação destes, frente ao reduzido tamanho populacional de eucariotos multicelulares, como as plantas Saccarum officinarum e Sorghum bicolor, ocorre por deriva genética. A inserção de novos genes, que são inicialmente neutros ou levemente deletérios, em redes funcionais ainda é pouco compreendida. A integração se torna gradativamente mais robusta com a evolução individual destes loci. Neste contexto, este estudo buscou identificar genes codificadores e não-codificadores de proteínas de recente emergência em cana-de-açúcar e sorgo a fim de se elucidar a hipótese de que sua arquitetura gênica e integração em redes biológicas apresentam padrões evolutivos comuns. Para isso, realizamos a identificação de lncRNAs de cana a partir de bancos de cDNA, o que permitiu a caracterização da expressão desses transcritos contrastando seis variedades distintas. Em decorrência da disponibilidade do genoma de sorgo, a identificação de genes linhagem-específicos codificadores e não codificadores pode ser resolvida com maior precisão. Pudemos determinar uma correlação entre a sua arquitetura gênica e integração nas redes biológicas e sua idade relativa. Apesar da correlação encontrada, o efeito mais forte observado em transcritos não codificadores revelam outros fatores que devem estar influenciando sua evolução. Levantamos a hipótese de que o evento de tradução possa elevar a eficiência da seleção negativa sobre o transcrito emergente, o que resultaria no turnover mais acentuado de lincRNAs e maior conservação de genes linhagem-específicos (AU)

• Processo FAPESP: 12/06539-6 - INTER-RELAÇÕES EVOLUTIVAS ENTRE ncRNAS E GENES ÓRFÃOS DE Arabidopsis thaliana E Saccharum officinarum
• Beneficiário: Lucas Eduardo Costa Canesin
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado