Desenvolvimento, validação e aplicação de método molecular baseado na análise do rRNA para a identificação das bactérias formadoras de biofilme metabolicamente ativas na superfície das membranas de osmose reversa.

Autor(es)

Roberta Novaes Amorim Almeida

• Tipo de documento: Dissertação de Mestrado
• Imprenta: São Paulo.
• Instituição: Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Ciências Biomédicas (ICB/SDI)
• Data de defesa: 2009-04-14

Membros da banca

Rene Peter Schneider; Irma Nelly Gutierrez Rivera; Beny Spira

• Orientador: Rene Peter Schneider

Resumo

Um método baseado na extração de rRNA, seguido de RT-PCR rRNA 16S, clonagem e ARDRA foi otimizado e validado para a identificação das bactérias ativas em biofilmes. O método foi analisado primeiro com consórcios artificiais de três organismos. As etapas de clonagem e RT não causaram variações importantes na composição destes consórcios, do contrário da etapa de PCR, onde foi necessária a redução de 30 para 10 ciclos para limitar a distorção da proporção de templates. A análise de biofilmes reais indicou que clones dominantes podem ser identificados com o critério de ocorrência de >2% na biblioteca, mas que a reprodutibilidade de análises ainda é insatisfatória, possivelmente devido a fatores como a micro heterogeneidade espacial do biofilme, viés na reação de PCR e formação de mais de um clone de ARDRA por organismo. O armazenamento do biofilme a -20 °C por 2 meses não levou à alterações expressivas em sua composição. O perfil de clones detectado com o kit (Mo Bio) de extração de RNA foi muito diferente do perfil detectado com o método otimizado neste trabalho. (AU)

• Processo FAPESP: 06/58561-4 - Desenvolvimento, validação e aplicação de método molecular baseado na extração, amplificação e sequenciamento do rRNA ribossômico para a identificação das bactérias formadoras de biofilme na superfície..
• Beneficiário: Roberta Novaes Amorim Almeida
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado