Desenvolvimento de uma pipeline para identificação de SNPs a partir de sequências genômicas completas de Toxoplasma gondii e sua integração aos métodos convencionais de genotipagem

Autor(es)

Bruno Bello Pede Castro

• Tipo de documento: Tese de Doutorado
• Imprenta: São Paulo.
• Instituição: Universidade de São Paulo (USP). Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia (FMVZ/SBD)
• Data de defesa: 2019-07-12

Membros da banca

Solange Maria Gennari; Paulo Eduardo Brandão; Hernan Lorenzi; João Carlos Setubal; Chunlei Su

• Orientador: Solange Maria Gennari

Resumo

A toxoplasmose é uma doença parasitária causada pelo Toxoplasma gondii. O Toxoplasma gondii é um parasita intracelular relacionado ao Plasmodium falciparum, o agente causador da malária em humanos. O Toxoplasma gondii pode infectar todos os vertebrados homeotérmicos, incluindo mamíferos e pássaros. Recentes avanços nas tecnologias de sequenciamento de DNA tornaram possível a obtenção de sequências genômicas completas para praticamente qualquer organismo, incluindo o Toxoplasma gondii e com isso, a tendência é que genotipagens do tipo PCR-RFLP e MLST, atualmente utilizadas, devam ser substituídas. Uma vez que esse inestimável banco de dados gerado ao longo das últimas décadas não pode ser relacionado a essa nova tecnologia, esse trabalho teve como objetivo aliviar esse problema, desenvolvendo uma pipeline, capaz de mapear leituras provenientes de um sequenciamento genômico completo, em plataforma Illumina e identificar SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms). Nesse trabalho, foram utilizados dados de sequenciamento de um total de 62 isolados de T. gondii provenientes de vários locais do mundo. A partir dessas sequências, foram gerados dados aprimorados para análise filogenética utilizando o software SplitsTree4 e dados de genética de populações, através da ferramenta FastStructure. Além disso, outras ferramentas que funcionam em conjunto à pipeline foram desenvolvidas, possibilitando também extrair sequências genômicas para os 10 marcadores PCR-RFLP e oito introns, que foram utilizados para análise genética de T. gondii na literatura. Para disponibilizar essas ferramentas para a comunidade de pesquisa, integramos todos os softwares e o conjunto de instruções utilizadas em linguagem Perl, em uma máquina virtual, tornando possível a execução de tarefas de Bioinformática a partir de qualquer computador pessoal, independente do sistema operacional que estiver executando. Para isso, utilizamos um software de virtualização multiplataforma, o VirtualBox. (AU)

• Processo FAPESP: 15/23472-0 - Desenvolvimento de uma nova geração de marcadores genéticos para estudos de epidemiologia molecular e genética de populações de Toxoplasma gondii
• Beneficiário: Bruno Bello Pede Castro
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto