Impactos da localização genômica no comportamento evolutivo das sequências repetitivas in tandem em milho e espécies relativas

Autor(es)

Gabriel Fernando da Silva

• Tipo de documento: Dissertação de Mestrado
• Imprenta: Piracicaba.
• Instituição: Universidade de São Paulo (USP). Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALA/BC)
• Data de defesa: 2020-11-30

Membros da banca

Mateus Mondin; Fábio de Oliveira Freitas; Gustavo Campos e Silva Kuhn

• Orientador: Mateus Mondin

Resumo

A evolução dos motivos de DNAs satélites é conduzido por meio dos mecanismos da evolução em concerto. A evolução em concerto conduz a homogeneização dos motivos em nível de arranjos, onde estes tendem a ser mais semelhantes entre os motivos mais próximos de si do que em posições mais distantes no genoma. É observado que esta evolução sobre o DNA satélite possui diferenças no seu comportamento entre os motivos presentes em famílias de espécies diferentes e possui poucos relatos sobre esta característica evolutiva entre famílias de um mesmo genoma. Para aprofundar nos estudos evolutivos de famílias de DNA satélite presente no mesmo genoma, o objetivo deste trabalho foi estudar o comportamento evolutivo de duas famílias denominadas de CentC e K180 presente no milho e que estão localizadas em dois contextos genômicos diferentes, o centrômero e o knob. Para isso, iniciou-se este trabalho com a busca dos motivos destas famílias de DNAs satélites no genoma montado da linhagem modelo B73 de milho. Posteriormente, foram coletados, organizados e alinhados para obtenção dos valores de diversidade nucleotídica, construção da MLTree e observação da organização dos motivos de acordo com a sua posição no genoma. A partir dessas análises, foram comparados os resultados entre as duas famílias de DNA satélite e foi possível visualizar que os motivos localizado na região centromérica (CentC) são mais conservados em relação aos motivos da região do knob (K180) evidenciando que, o contexto genômico pode influenciar o comportamento evolutivo dos DNAs satélites em milho. Também foi observado que a família CentC possui três grupos de motivos que possuem diversidades nucleotídicas distintas (altamente conservado de 0% a 1%, moderadamente conservado de 4% a 8% e mais polimórficos de 13% a 17%) e que, possivelmente, pode estar associado com as funções do centrômero e com associação das proteínas centroméricas. No contexto genômico do knob, foi localizado uma nova sub-família derivada da K180 que aumenta esta grande diversidade que existe neste DNA satélite. Esta sub-família foi denominada de K180_B e está presente nos knobs de diversas espécies do gênero Zea e na espécie Tripsacum dactyloides e ausente nas espécies de Coix aquática e Coix lacryma-jobi. (AU)

• Processo FAPESP: 18/09760-1 - Impactos da localização genômica no comportamento evolutivo das sequências repetitivas in tandem
• Beneficiário: Gabriel Fernando da Silva
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado