Pipeline OligoY para desenho de sondas oligopaint do cromossomo Y incluindo sequências repetitivas

Autor(es)

Isabela Pimentel de Almeida

• Tipo de documento: Dissertação de Mestrado
• Imprenta: São Paulo.
• Instituição: Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Matemática e Estatística (IME/SBI)
• Data de defesa: 2022-01-26

Membros da banca

Maria Dulcetti Vibranovski; Leonardo Barbosa Koerich; Ariane Machado Lima; Mainá Bitar Lourenço

• Orientador: Maria Dulcetti Vibranovski; Antonio Bernardo de Carvalho

Resumo

Um dos principais obstáculos em estudos com o cromossomo Y está relacionado ao estado heterocromático e altamente repetitivo desta estrutura, levando a dificuldades de montagem de scaffolds e contigs e, assim, na falta de sequências finais montadas para o mesmo. O cromossomo Y de Drosophila melanogaster, organismo modelo utilizado nessa pesquisa, tem tamanho estimado em 41 Mb de sequências ricas em repetições, mas apenas 10% das mesmas estão montadas na versão mais recente do genoma. Em contrapartida, o protocolo para desenho de sondas utilizadas em experimentos de marcação fluorescente de cromossomo completo (FISH Oligopaint) não inclui sequências repetitivas para evitar hibridização fora da região alvo. Por esse motivo, existem atualmente menos de 1500 sondas oligopaint para este cromossomo Y modelo, quantidade esta ao menos dez vezes menor quando comparada com a de outros cromossomos da mesma espécie. Além disso, essa quantidade é insuficiente para realizar ensaios de FISH Oligopaint com eficiência. O objetivo principal desta pesquisa é desenvolver uma pipeline que permita desenhar sondas oligopaint para o cromossomo Y de qualquer espécie de interesse. A pipeline final inclui a utilização de ferramentas livres e existentes em Bioinformática, identificação de sequências exclusivas do cromossomo de interesse, garante ao usuário a autonomia para escolha de parâmetros e efetivamente usa sequências repetitivas exclusivas do cromossomo alvo para desenhar sondas, maximizando assim a eficiência geral dos experimentos de citogenética. Após extensos testes e validações in silico e in situ, foi constatado que a aplicação da pipeline desenvolvida, OligoY, permite marcar o cromossomo Y sem gerar sinal fora do alvo, apesar da utilização de sequências repetitivas para desenho das sondas oligopaint. (AU)

• Processo FAPESP: 19/14878-4 - Técnica para construção de oligopaints completos a partir sequências heterocromáticas usando como modelo o cromossomo Y de Drosophila melanogaster
• Beneficiário: Isabela Pimentel de Almeida
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado