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Técnica para construção de oligopaints completos a partir sequências heterocromáticas usando como modelo o cromossomo Y de Drosophila melanogaster

Processo: 19/14878-4
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de novembro de 2019
Vigência (Término): 31 de maio de 2021
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
Pesquisador responsável:Maria Dulcetti Vibranovski
Beneficiário:Isabela Pimentel de Almeida
Instituição-sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:15/20844-4 - O papel da gametogênesis na origem e evolução dos genes novos, AP.JP
Assunto(s):Biologia computacional   Genômica   Espermatogênese   Cromossomo Y   Heterocromatina

Resumo

Pesquisas que focam no entendimento da sequência e organização da heterocromatina permitem que funções essenciais para o organismo como um todo sejam melhor compreendidas. Um dos principais obstáculos em estudos com o cromossomo Y está relacionado justamente ao estado heterocromático desta estrutura, que em Drosophila melanogaster é formada por aproximadamente 41 Mb de sequências altamente repetitivas. Com aplicações em estudos citogenéticos, o protocolo para construção de sondas oligopaints não costuma incluir tais sequências. Considerando que existem apenas 1381 sondas para o cromossomo Y de D. melanogaster, enquanto que para seus outros cromossomos esse valor é ao menos dez vezes maior, oligopaints desta estrutura não permitem análises tão profundas quanto para os outros. Usando o cromossomo Y de D. melanogaster como modelo, este projeto objetiva identificar sequências repetitivas exclusivas do mesmo através do método YGS (Y chromosome Genome Scan), aumentando o número de sondas conhecidas para essa estrutura e permitindo construir seu oligopaint completo. Assim, sendo possível compilar as metodologias envolvidas para o desenvolvimento de uma nova técnica que possibilite construir oligopaints do cromossomo Y de qualquer espécie de interesse. A análise dos resultados e da própria eficiência e qualidade dos oligopaints obtidos será dada através da comparação direta entre estes e os gerados a partir das 1381 sondas atualmente conhecidas para o cromossomo Y.