Modelagem molecular aplicada a estudos teóricos de sistemas biológicos

Autor(es)

João Paulo Menezes Spadeto

• Tipo de documento: Dissertação de Mestrado
• Imprenta: Campinas, SP.
• Instituição: Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Química
• Data de defesa: 2022-03-03

Membros da banca

Rodrigo Antonio Cormanich; Nelson Henrique Morgon; Osmair Vital de Oliveira

• Orientador: Rodrigo Antonio Cormanich

Resumo

Esta dissertação foi dividida em 2 capítulos correspondentes às pesquisas desenvolvidas ao longo do programa de Mestrado, sendo: 1) Diidropiridinas fluoradas como candidatas a bloquear canais de Cálcio tipo L – estudou-se por cálculos teóricos as proteínas do Canal de Cálcio tipo L, responsável por causar doenças como Alzheimer, desordens cardiovasculares, hipertensão, arritmia, entre outras. Dentre os fármacos mais prescritos nos Estados Unidos, destacam-se a amlodipina e nifedipina. A proteína do Canal de Cálcio tipo-L humano foi construída utilizando o programa Prime, apresentando 69% de identidade sequencial com a proteína do Canal de Cálcio tipo-L de um coelho, sob código 5GJV no servidor Protein Data Bank. Foram propostas diidropiridinas modificadas, todos contendo em comum grupos funcionais trifuormetil, dos quais o ligante 14 apresentou menor XP Glidescore que a nifedipina, ainda assim a amlodipina permaneceu com a menor pontuação. Dos resultados de dinâmica molecular e MM/PBSA, os ligantes 8, 15 e 16 apresentaram maior estabilidade em relação a nifedipina e amlodipina, o que os torna possíveis candidatos a fármacos. 2) Sulfatos de Condroitina modificados capazes de interagir com a DBL3x: Revisitando o trabalho Planejamento por docagem e dinâmica molecular de potenciais fármacos a DBL3: uma proposta para o tratamento da malária – Este projeto de pesquisa provém do meu trabalho de conclusão de curso feito em 2019, o qual foi necessário refazer todos os resultados para que fosse publicado na revista Jornal of Biomolecular Structure and Dynamics. Na África subsaariana, os casos de Malária acometem, em média, 24 milhões de mulheres grávidas anualmente. A infecção pelo P. falciparum durante a gravidez é assintomática e muitas vezes pode causar morte fetal ou mesmo da portadora da doença. Estudou-se a proteína do Plasmodium falciparum (DBL3x), responsável por interagir com o sulfato de Condroitina das células eritrocitárias e causar entupimentos vasculares. A proteína DBL3x foi preparada utilizando o programa Protein Preparation da Schrodinger. Os resultados de docking demonstram que todas as propostas apresentaram uma interação mais intensa com a proteína em relação ao CSA, no entanto as simulações por Dinâmica Molecular constatam que apenas os ligantes CPB e CPC tendem a estabilizar o sistema num intervalo de tempo de 100 ns (AU)

• Processo FAPESP: 20/06536-3 - Análise de substratos reativos da Fluorinase
• Beneficiário: João Paulo Menezes Spadeto
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado