Identificação dos genes regulados pelas diferentes isoformas de HIF-3alfa: desenvolvimento de ferramenta para análise de dados tumorais

Autor(es)

Fábio Malta de Sá Patroni

• Tipo de documento: Dissertação de Mestrado
• Imprenta: Campinas, SP.
• Instituição: Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Biologia
• Data de defesa: 2019-02-11

Membros da banca

Sandra Martha Gomes Dias; Marcelo Mendes Brandão; Mariana Maschietto

• Orientador: Marcelo Falsarella Carazzolle; Sandra Martha Gomes Dias

Resumo

Devido à sua importância na adaptação metabólica e na progressão do câncer, obter informações funcionais sobre as HIFs que venham a responder seus mecanismos de ação é de suma importância para o entendimento da doença. De especial interesse é a isoforma menos estudada, HIF-3alfa, e suas diversas variantes por splicing alternativo. Quatro das variantes (-3alfa1, -3alfa2, -3alfa3 e -3alfa9) apresentam domínio bHLH de interação ao DNA e domínio NTAD de regulação da transcrição gênica, de maneira que regulam diretamente a transcrição gênica de genes alvos. De fato, já foi demonstrado que HIF- 3?9 regula um set de genes próprios. Outras 3 isoformas (-3alfa4, -3alfa5 e 3alfa7) não apresentam o domínio bHLH ou o NTAD, podendo promover regulação não como elementos ativos, mas como supressores, tal como já provado para o gene HIF-3?4. Neste trabalho, desenvolvemos uma plataforma de análise de dados de ômicas de tecidos tumorais disponíveis pelo The Cancer Genome Atlas usando a linguagem estatística R. O programa foi chamado de GDCtools e já está disponível no GitHub (https://github.com/Facottons/GDCtools). Ele permite análises baseadas na separação de grupos de tumores de acordo com características contínuas (expressão genica, nível de isoformas, metilação, nível proteico e sobrevida) ou discretas (características clinicas e mutação), seguido de análise de expressão genica diferencial utilizando os pacotes EBSeq, DESeq2 e edgeR, acompanhado das possibilidades de análises de intersecção por diagrama de Venn e enriquecimento de vias. Além disso, é possível utilizar a análise de co-expressão, a qual correlaciona as variações de expressões de diferentes genes em um dado. De posse deste pacote e de análises extras estudamos então as diferentes isoformas do gene HIF3A. Neste estudo procuramos por isoformas diferencialmente expressas entre tecidos normais e tumorais relacionados, seguido da avaliação do impacto da expressão das mesmas no prognóstico de tumores. Nossos estudos apontaram para duas isoformas, HIF- 3alfa2 em adenocarcinoma de cólon e HIF-3alfa3 em adenocarcinoma de próstata, cuja alteração em nível de expressão indicaram piora ou melhora (respectivamente) na sobrevida livre de recidiva dos respectivos tumores e levaram ao enriquecimento de vias que podem explicar tais impactos. Desta maneira, tais isoformas têm o potencial de estarem envolvidas na progressão desses tipos tumorais e merecerem posteriores estudos em laboratório para se provar seu envolvimento nestas doenças (AU)

• Processo FAPESP: 15/26059-7 - Identificação dos genes regulados pelas diferentes isoformas de HIF-3a: desenvolvimento de ferramenta de análise de dados de transcriptômica de tumores de pacientes
• Beneficiário: Fábio Malta de Sá Patroni
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado