Caracterização genética de uma coorte latino-americana de pacientes com encefalopatias epilépticas e do desenvolvimento

Autor(es)

Helena Tadiello de Moraes

• Tipo de documento: Tese de Doutorado
• Imprenta: Campinas, SP.
• Instituição: Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Faculdade de Ciências Médicas
• Data de defesa: 2022-06-07

Membros da banca

Íscia Teresinha Lopes Cendes; Ana Carolina Coan; Antonia Paula Marques de Faria; Kette Dualibi Ramos Valente; Magda Lahorgue Nunes

• Orientador: Íscia Teresinha Lopes Cendes

Resumo

As encefalopatias epilépticas e do desenvolvimento (EEDs) formam um grupo de epilepsias graves, geralmente resistentes ao tratamento medicamentoso e associadas a atraso do desenvolvimento neuropsíquico-motor e cognitivo. Com o avanço de estudos moleculares nos últimos anos, novas mutações têm sido descritas para as EEDs, porém, uma parcela significativa dos pacientes ainda permanece sem diagnóstico molecular, assumindo modelo monogênico de herança. Assim, o objetivo principal deste trabalho foi aplicar novos paradigmas analíticos para identificar e investigar alterações genéticas em uma grande coorte de pacientes com EEDs da América Latina. Dos 275 pacientes com diferentes tipos de EEDs que tivemos acesso, foi possível obter amostras de DNA em 239 deles. Primeiramente, utilizamos dados de sequenciamento completo do exoma (WES) de 234 desses pacientes e dados de microarranjos cromossômicos (CMA) de 236 desses pacientes para determinar a taxa de diagnóstico molecular dessas técnicas assumindo um modelo monogênico. Após análise individual de cada paciente, a taxa de diagnóstico foi de 38% para WES, de 4,6% para CMA e de 38,9% para as duas técnicas combinadas, o que representa uma alta taxa de diagnóstico genético se comparado com a literatura. Em segundo lugar, no grupo de pacientes em que não foi possível encontrar uma causa genética, utilizamos duas abordagens exploratórias tendo em mente modelos complexos de herança: regressão logística, que leva em conta a presença de variantes genéticas comuns, que apresentam frequência alélica, MAF>0,01; e SKAT-O (do inglês, optimized sequence kernel association test) que analisa variantes raras (MAF=0,01) e ultrarraras (MAF=0,0005). Na análise de variantes comuns encontramos uma diferença entre as variantes dos grupos com e sem diagnóstico genético, sendo que o último apresentou uma variante exclusiva (rs9374755) em um gene de RNA (LOC101927314) com indício de associação (p = 0,000005). Na análise com variantes ultrarraras também observamos uma diferença entre os grupos com e sem diagnóstico, sendo que para o último encontramos sete genes candidatos que podem conter variantes de predisposição às EEDs: ASPM (p=0.045517718); CREBBP (p=0.032086627); FASN (p=0.009504475); LAMC3 (p=0.001417445); RELN (p=0.017928247); RYR3 (p=0.047068168); e SPTAN1 (p=0.045613193). O nosso estudo demonstrou que utilizando estratégias tradicionais de diagnóstico molecular foi possível encontrar uma causa monogênica para as EEDs em quase 40% dos pacientes investigados, sendo que o WES teve o maior rendimento. Porém, o uso de CMA conseguiu adicionar quase cinco pontos percentuais no rendimento diagnóstico e, portanto, deve ser também considerado na investigação da etiologia genética das EEDs. Além disso, encontramos evidências de que pelo menos uma parte do efeito genético presente na etiologia das EEDs deve seguir um modelo complexo de herança. Apesar de não ser ainda possível aplicar essas análises ao diagnóstico genético de rotina, nossos resultados indicam que uma etiologia genética deve ser considerada em pacientes com EED mesmo que resultados negativos sejam obtidos utilizando as técnicas genômicas de rotina. A medida em que a possibilidade de diagnóstico molecular para doenças genéticas de herança complexa e multifatorial avança, acreditamos que as EEDs poderão se beneficiar desse novo conhecimento e novos métodos de análise dos dados genético (AU)

• Processo FAPESP: 17/00648-1 - Investigando um efeito poligênico em dados genômicos de pacientes com encefalopatias epilépticas da infância (EEI)
• Beneficiário: Helena Tadiello de Moraes
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado