Algoritmos evolutivos e modelos simplificados de proteínas para predição de estruturas terciárias

Autor(es)

Paulo Henrique Ribeiro Gabriel

• Tipo de documento: Dissertação de Mestrado
• Imprenta: São Carlos.
• Instituição: Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação (ICMC/SB)
• Data de defesa: 2010-03-23

Membros da banca

Alexandre Cláudio Botazzo Delbem; Antonio Caliri; Rodrigo Fernandes de Mello

• Orientador: Alexandre Cláudio Botazzo Delbem

Resumo

A predição de estruturas de proteínas (Protein Structure Prediction PSP) é um problema computacionalmente complexo. Para tratar esse problema, modelos simplificados de proteínas, como o Modelo HP, têm sido empregados para representar as conformações e Algoritmos Evolutivos (AEs) são utilizados na busca por soluções adequadas para PSP. Entretanto, abordagens utilizando AEs muitas vezes não tratam adequadamente as soluções geradas, prejudicando o desempenho da busca. Neste trabalho, é apresentada uma formulação multiobjetivo para PSP em Modelo HP, de modo a avaliar de forma mais robusta as conformações produzidas combinando uma avaliação baseada no número de contatos hidrofóbicos com a distância entre os monômeros. Foi adotado o Algoritmo Evolutivo Multiobjetivo em Tabelas (AEMT) a fim de otimizar essas métricas. O algoritmo pode adequadamente explorar o espaço de busca com pequeno número de indivíduos. Como consequência, o total de avaliações da função objetivo é significativamente reduzido, gerando um método para PSP utilizando Modelo HP mais rápido e robusto (AU)

• Processo FAPESP: 07/06928-4 - Desenvolvimento de um Algoritmo Evolutivo para o Problema de Predição de Estrutura Terciária de Proteínas
• Beneficiário: Paulo Henrique Ribeiro Gabriel
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado