CV Lattes
ResearcherID
ORCID
Google Scholar Citations
Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Computação (IC) (Instituição Sede da última proposta de pesquisa) País de origem: Brasil
João Meidanis possui graduação em Bacharelado em Matemática pela Universidade de São Paulo (1980), mestrado em Matemática pela Universidade de São Paulo (1985), mestrado e doutorado em Ciência da Computação - University of Wisconsin - Madison (1989 e 1992). Foi diretor da Scylla Informática de 2002 a 2024. Atualmente é professor titular da Universidade Estadual de Campinas. Suas áreas de atuação incluem análise de algoritmos, teoria dos grafos, biologia computacional e otimização. (Fonte: Currículo Lattes)
| Matéria(s) publicada(s) na Revista Pesquisa FAPESP sobre o(a) pesquisador(a): |
| O mapa da cana |
| El mapa de la caña de azúcar |
| O mapa da cana |
| Mais itensMenos itens |
| Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o(a) pesquisador(a) |
| Mais itensMenos itens |
| TITULO |
| Matéria(s) publicada(s) em Outras Mídias ( ): |
| Mais itensMenos itens |
| VEICULO: TITULO (DATA) |
| VEICULO: TITULO (DATA) |
Desde 1990 venho me dedicando à bioinformática. Nos últimos cinco anos, tenho participado de projetos junto ao Centro Infantil Boldrini, onde todas as pesquisas são direcionadas ao diagnóstico, monitoramento, ou tratamento de câncer infantil. Este projeto visa obter recursos para a continuidade desta atuação, colaborando com a busca de métodos mais eficientes e simplificados de monitorame…
Este projeto busca avançar a teoria matricial de rearranjo de genomas,introduzida por Meidanis, Zanetti e Biller, aplicando-a a casos práticosde comparação de genomas de micróbios, fungos, plantas e mamíferos,através de colaborações com biocientistas. Os principais problemas aatacar aqui giram em torno da construção de filogenias usando rearranjos,e a inferência dos genomas ancestrais no…
Recentemente, Pereira Zanetti, Biller e Meidanis propuseram uma nova definição de distância de rearranjo entre genomas. Nesta formulação, cada genoma é representado como uma matriz, e a distância d é a distância de posto entre estas matrizes. Embora definida através de matrizes, a distância de posto é igual ao peso total mínimo de uma série ponderada de operações que leva de um genoma ao …
O trabalho do bolsista consistirá basicamente em dois tipos de atividade. Primeiramente, deverá auxiliar no processamento de dados brutos gerados por experimentos de transcriptômica, metilômica e paineis. Após os primeiros dados ficarem prontos, estendendo-se até o final da bolsa, deverá ajudar nas análises cruzadas entre dados genômicos, dados de dose-resposta e dados clínicos.
Na comparação de genomas, uma noção fundamental é a da distância entre os genomas. Muitas propostas foram apresentadas nas últimas décadas, incluindo DCJ, SCJ, distância de ponto de quebra (breakpoint distance), distância de posto e distância natural. O genoma mediano entre três genomas A, B e C é o genoma M que minimiza a soma das distâncias d(A,M), d(B,M) e d(C,M). Foram propostos al…
Métodos baseados na noção de palavras ausentes minimais foram utilizados para comparar genomas de forma alignment-free e também para detectar variantes estruturais em genomas, ambos a partir de WGS (Whole Genome Sequencing) usando dados de long reads. Já que essa abordagem oferece diversas vantagens em relação a métodos baseados em alinhamento, espera-se que a implementação de algoritmos …
Um dos principais fatores responsáveis pelo sucesso evolutivo dos mamíferos é a flexibilidade do seu sistema imunológico. Antígenos, agentes estranhos e prejudiciais, quando na superfície ou no interior do corpo, são detectados pelo sistema imunológico através de partes de suas estruturas, os epítopos, produzindo uma resposta imediata através de células NK e uma resposta adaptativa mais l…
Os avanços nas tecnologias de sequenciamento de DNA permitiram a fácil aquisição de genomas em ambientes computacionais. Métodos para reconstruir filogenias baseados em eventos de rearranjo dependem de uma noção de distância entre genomas que faça sentido biologicamente e que possa ser computada de forma eficiente. Vários modelos e métricas de distância foram desenvolvidos ao longo dos an…
Neste projeto, a pessoa designada como bolsista de treinamento técnico deverá se familiarizar com os programas já desenvolvidos por nosso grupo e auxiliar-nos no estabelecimento de um repositório no GitHub ou equivalente para compartilhar os nossos programas. Deverá também nos ajudar a verter os programas escritos em Matlab ouOctave para Python e R, que sÜao linguagens mais utilizadas na…
Através de milhões de anos, a evolução dos seres vivos ocorre não apenas como mutações em genes individuais, mas também como rearranjos na ordem dos genes nos cromossomos, quando comparamos uma espécie a outras, descendentes de um mesmo ancestral comum. Além disso, e especialmente em genomas de plantas, o genoma inteiro pode se duplicar, e boa parte dos genes em excesso se perdem de uma m…
Estudos evolutivos moleculares sistematicamente enfrentam um problema de validação, já que não temos acesso direto às moléculas ancestrais de milhões de anos atrás. Portanto, hipóteses sobre a forma dos genomas ancestrais, que em geral são muito antigos, são difíceis de testar e confirmar. Métodos para reconstruir genomas ancestrais podem ser testados com dados simulados, que produzem cen…
O problema da mediana de genomas é um problema central na bioinformática. Ainda desconhecemos se este problema é fácil sob a recente Teoria Algébrica de Adjacências, ou se é NP-Difícil. Estamos interessados em uma generalização, o problema da mediana de matrizes, que acreditamos ser mais fácil. Planejamos estudar o problema da mediana de matrizes e sua relação com o problema da mediana de…