Identificação de relações microrganismo/microrganismo e microrganismo/planta à promoção do crescimento vegetal a partir de uma coleção de bactérias representativa do microbioma da cana-de-açúcar

Resumo

Tradicionalmente, o isolamento de microrganismos a partir de amostras do ambiente é realizado através de múltiplas etapas de estriamento em meios de cultura sólidos até a obtenção de uma cultura axênica (colônias puras). Tal procedimento é dispendioso, demorado e pode levar à perda de informações sobre as relações ecológicas entre diferentes microrganismos. Em diversos casos, a interação entre microrganismos ou mesmo sua interdependência estrita é justamente o fator que limita a amostragem fidedigna da diversidade de um ambiente. Neste trabalho desenvolvemos um método para a construção de coleções de microrganismos baseado em comunidades (Community-Based Culture collections, CBC) amostradas do ambiente através de uma única etapa de plaqueamento. Aplicamos essa metodologia para amostrar comunidades microbianas de raiz e colmo de cana-de-açúcar e construir uma CBC com aproximadamente 5 mil culturas armazenadas em 56 placas de 96 poços. Para identificar esses microrganismos desenvolvemos uma metodologia de sequenciamento de pools de amplicons utilizando barcodes que possibilitou a identificação dos microrganismos presentes em cada um dos poços. Nessa metodologia são produzidos amplicons "full-length" do gene ribossomal 16S que, após sequenciamento através da plataforma PacBio RS II, permitem a identificação até o nível de gênero de microrganismos isolados ou em comunidades presentes em cada poço das placas. Os métodos de construção e anotação das CBCs representam um avanço para acessar comunidades microbianas amostradas do ambiente e estudar seu impacto na interação com organismos-alvo. (AU)