Uma Abordagem de Múltipla Resolução para o Polimorfismo de Agregados Lipopolissacarídicos Induzido por Cations

Resumo

Neste projeto e proposto a implementac'ao e validac'ao de um algoritmo para o calculo de propriedades elasticas a partir de simulac'oes de dinamica molecular de materiais macios, com enfase em membranas bacterianas. O algoritmo proposto e fundamentado no metodo descrito por Waheed and Edholm1 para o calculo de constantes elasticas, e sera implementado como parte do programa do SuAVE (Surface Assessment Via grid Evaluation),2 o qual e desenvolvido em nosso grupo de pesquisa. O programa SuAVE permite calcular propriedades geometricas em interfaces quimicas considerando a morfologia do agregado lipidico (e.g. lamelas, vesiculas, bicelas). O conjunto de rotinas numericas esta fundamentado no ajuste de superficies atraves de uso da geometria diferencial e computacional, e do calculo numerico. O SuAVE foi desenvolvido para tratar qualquer interface quimica (organica, inorganica ou biologica) exibindo superficies planas ou curvadas, e permite o calculo, de forma eficientemente e simples, de uma serie de propriedades relevantes para sistemas de materia macia: area e volume por molecula, espessura de membranas e vesiculas, raio de giro e forma de vesiculas e micelas, perfis de densidade, parametros de ordem de curvatura, e curvaturas Gaussianas. Mais informac'oes sobre o programa podem ser encontradas em nosso website (www.biomatsite.net/suave-software)