Microsatellite loci in the oceanic whitetip shark and cross-species amplification using pyrosequencing technology

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Mendes, N. J. ^[1] ; Cruz, V. P. ^[1] ; Mendonca, Fernando Fernandes ^{[1, 2]} ; Pardo, B. G. ^[3] ; Coelho, R. ^{[4, 5]} ; Ashikaga, F. Y. ^[1] ; Camargo, S. M. ^{[1, 2]} ; Martinez, P. ^[3] ; Oliveira, C. ^[1] ; Santos, M. N. ^[4] ; Foresti, F. ^[1]

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] UNESP, Lab Biol & Genet Peixes, Inst Biociencias, BR-18618970 Botucatu, SP - Brazil

^[2] Univ Fed Sao Paulo UNIFESP, Inst Mar, Lab Genet Pesqueira & Conservac, BR-11030400 Santos, SP - Brazil

^[3] Univ Santiago de Compostela, Fac Vet, Dept Genet, Lugo 27002 - Spain

^[4] IPMA IP, Inst Portugues Mar & Atmosfera, Olhao - Portugal

^[5] Univ Algarve, CCMAR, Ctr Ciencias Mar, Faro - Portugal

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: CONSERVATION GENETICS RESOURCES; v. 7, n. 2, p. 585-589, JUN 2015.
• Citações Web of Science: 0

Resumo

Among the pelagic shark species most impacted by fisheries, the oceanic whitetip shark (Carcharhinus longimanus) has shown signs of population declines. In this study, we developed 12 microsatellite markers using next generation sequencing (454 pyrosequencing) in C. longimanus for further use in population screening. The genetic diversity of these loci was assessed in 28 individuals and a total of 35 alleles were identified, ranging from four to eight alleles per locus (5.9 alleles on average). Cross-species amplification of these markers was successful in five loci for C. acronotus, C. perezi and Galeocerdo cuvier. The developed microsatellite markers will be useful in analyzing the population genetics structure of the oceanic whitetip shark and other Carcharhinidae species. (AU)

• Processo FAPESP: 10/51903-2 - Filogeografia de tubarões pelágicos no Atlântico, utilizando marcadores moleculares do DNA mitocondrial
• Beneficiário: Fausto Foresti
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 13/14555-4 - Desenvolvimento de marcadores microssatélites para os tubarões Carcharhinus acronotus e Galeocerdo cuvier utilizando sequenciamento de segunda geração
• Beneficiário: Natália Jade Mendes
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Processo FAPESP: 11/23787-0 - Biodiversidade molecular e conservação de tubarões: banco genético, estruturas populacionais e rede internacional de colaboração científica
• Beneficiário: Fernando Fernandes Mendonça
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa BIOTA - Jovens Pesquisadores