Comparative eye and liver differentially expressed genes reveal monochromatic vision and cancer resistance in the shortfin mako shark (Isurus oxyrinchus)

Autor(es)

Domingues, Rodrigo R. ^{[1, 2, 3]} ; Mastrochirico-Filho, Vito Antonio ^[4] ; Mendes, Natalia J. ^[4] ; Hashimoto, Diogo T. ^[4] ; Coelho, Rui ^{[5, 6]} ; da Cruz, Vanessa Paes ^[7] ; Antunes, Agostinho ^{[1, 3]} ; Foresti, Fausto ^[7] ; Mendonca, Fernando F. ^[2]

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] Univ Porto, Fac Ciencias, Dept Biol, Rua Campo Alegre S-N, P-4169007 Porto - Portugal

^[2] Univ Fed Sao Paulo UNIFESP, Inst Mar, Dept Ciencias Mar, Rua Carvalho de Mendonca 144, BR-11070100 Sao Paulo - Brazil

^[3] Univ Porto, Ctr Interdisciplinar Invest Marinha & Ambiental, CIIMAR CIMAR, Av Gen Norton Matos S-N, P-4450208 Porto - Portugal

^[4] Univ Estadual Paulista UNESP, Ctr Aquicultura UNESP, Via Acesso Prof Paulo Donato Castellane S-N, BR-14884900 Sao Paulo - Brazil

^[5] Inst Portugues Mar & Atmosfera IPMA, IP, Av 5 Outubro, P-8700305 Olhao - Portugal

^[6] Univ Algarve, Ctr Ciencias Mar CCMAR, Campus Gambelas, P-8005139 Faro - Portugal

^[7] Univ Estadual Paulista UNESP, Inst Biociencias Botucatu, Lab Biol & Genet Peixes, BR-18618689 Botucatu, SP - Brazil

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: Genomics; v. 112, n. 6, p. 4817-4826, NOV 2020.
• Citações Web of Science: 0

Resumo

The shortfin mako, Isurus oxyrinchus is an oceanic pelagic shark found worldwide in tropical and subtropical waters. However, the understanding of its biology at molecular level is still incipient. We sequenced the messenger RNA isolated from eye and liver tissues. De novo transcriptome yielded a total of 705,940 transcripts. A total of 3774 genes were differentially expressed (DEGs), with 1612 in the eye and 2162 in the liver. Most DEGs in the eye were related to structural and signaling functions, including nonocular and ocular opsin genes, whereas nine out of ten most overexpressed genes in the liver were related to tumor suppression, wound healing, and human diseases. Furthermore, DEGs findings provide insights on the monochromatic shark vision and a repertory of cancer-related genes, which may be insightful to elucidate shark resistance to cancer. Therefore, our results provide valuable sequence resources for future functional and population studies. (AU)

• Processo FAPESP: 17/02420-8 - Combinando oceanografia, transcriptoma e genômica para avaliar a conectividade genética populacional e adaptação local do altamente migratório, tubarão Mako (Isurus oxyrinchus) no Oceano Atlântico
• Beneficiário: Rodrigo Rodrigues Domingues
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 14/19740-7 - Estudo interdisciplinar e inter-hemisférico em larga escala para a conservação do tubarão mako no Oceano Atlântico
• Beneficiário: Fausto Foresti
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 18/21319-9 - Uso das ômicas e ferramentas de bioinformática para detectar adaptação local do tubarão mako (Isurus oxyrinchus) nos oceanos Atlântico e Índico
• Beneficiário: Rodrigo Rodrigues Domingues
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado