| Texto completo | |
| Autor(es): |
Ferreira Filho, Jaire A.
;
Horta, Maria Augusta C.
;
dos Santos, Clelton A.
;
Almeida, Deborah A.
;
Murad, Natalia F.
;
Mendes, Juliano S.
;
Sforca, Danilo A.
;
Silva, Claudio Benicio C.
;
Crucello, Aline
;
de Souza, Anete P.
Número total de Autores: 10
|
| Tipo de documento: | Artigo Científico |
| Fonte: | BMC Genomics; v. 21, n. 1, p. 14-pg., 2020-11-02. |
| Resumo | |
Background Unveiling fungal genome structure and function reveals the potential biotechnological use of fungi. Trichoderma harzianum is a powerful CAZyme-producing fungus. We studied the genomic regions in T. harzianum IOC3844 containing CAZyme genes, transcription factors and transporters. Results We used bioinformatics tools to mine the T. harzianum genome for potential genomics, transcriptomics, and exoproteomics data and coexpression networks. The DNA was sequenced by PacBio SMRT technology for multiomics data analysis and integration. In total, 1676 genes were annotated in the genomic regions analyzed; 222 were identified as CAZymes in T. harzianum IOC3844. When comparing transcriptome data under cellulose or glucose conditions, 114 genes were differentially expressed in cellulose, with 51 being CAZymes. CLR2, a transcription factor physically and phylogenetically conserved in Trichoderma spp., was differentially expressed under cellulose conditions. The genes induced/repressed under cellulose conditions included those important for plant biomass degradation, including CIP2 of the CE15 family and a copper-dependent LPMO of the AA9 family. Conclusions Our results provide new insights into the relationship between genomic organization and hydrolytic enzyme expression and regulation in T. harzianum IOC3844. Our results can improve plant biomass degradation, which is fundamental for developing more efficient strains and/or enzymatic cocktails to produce hydrolytic enzymes. (AU) | |
| Processo FAPESP: | 14/18856-1 - Estudo da expressão gênica global e de regiões genômicas associadas ao controle da expressão de enzimas envolvidas na degradação de compostos lignocelulósicos por Trichoderma harzianum |
| Beneficiário: | Maria Augusta Crivelente Horta |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado |
| Processo FAPESP: | 16/19775-0 - Desenvolvimento / suplementação de coquetéis enzimáticos destinados à hidrólise de biomassa vegetal: utilização de mutagênese sítio-dirigida e proteínas quiméricas |
| Beneficiário: | Clelton Aparecido dos Santos |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado |
| Processo FAPESP: | 17/17782-2 - Análise transcricional de Trichoderma harzianum CBMAI-0179 durante a degradação de celulose e glicose |
| Beneficiário: | Déborah Aires Almeida |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Mestrado |
| Processo FAPESP: | 17/26781-0 - Análise do transcriptoma de híbridos de cana-de-açucar (Saccharum spp.) e espécies ancestrais (S. officinarum e S. spontaneum) para estudos do padrão de expressão gênica e interação de homeólogos |
| Beneficiário: | Cláudio Benício Cardoso da Silva |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado |
| Processo FAPESP: | 18/19660-4 - Elucidação de mecanismos genéticos envolvidos na hidrólise de biomassa vegetal por meio de genômica funcional |
| Beneficiário: | Anete Pereira de Souza |
| Modalidade de apoio: | Auxílio à Pesquisa - Regular |
| Processo FAPESP: | 15/09202-0 - Estudo de regiões genômicas de Trichoderma harzianum associadas ao controle da expressão de enzimas envolvidas na degradação de biomassa |
| Beneficiário: | Anete Pereira de Souza |
| Modalidade de apoio: | Auxílio à Pesquisa - Regular |