Whole-genome sequencing and comparative genomic analysis of potential biotechnological strains of Trichoderma harzianum, Trichoderma atroviride, and Trichoderma reesei

Autor(es)

Rosolen, Rafaela Rossi ; Horta, Maria Augusta Crivelente ; de Azevedo, Paulo Henrique Campiteli ; da Silva, Carla Cristina ; Sforca, Danilo Augusto ; Goldman, Gustavo Henrique ; de Souza, Anete Pereira

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: Molecular Genetics and Genomics; v. 298, n. 3, p. 20-pg., 2023-04-05.

Resumo

Trichoderma atroviride and Trichoderma harzianum are widely used as commercial biocontrol agents against plant diseases. Recently, T. harzianum IOC-3844 (Th3844) and T. harzianum CBMAI-0179 (Th0179) demonstrated great potential in the enzymatic conversion of lignocellulose into fermentable sugars. Herein, we performed whole-genome sequencing and assembly of the Th3844 and Th0179 strains. To assess the genetic diversity within the genus Trichoderma, the results of both strains were compared with strains of T. atroviride CBMAI-00020 (Ta0020) and T. reesei CBMAI-0711 (Tr0711). The sequencing coverage value of all genomes evaluated in this study was higher than that of previously reported genomes for the same species of Trichoderma. The resulting assembly revealed total lengths of 40 Mb (Th3844), 39 Mb (Th0179), 36 Mb (Ta0020), and 32 Mb (Tr0711). A genome-wide phylogenetic analysis provided details on the relationships of the newly sequenced species with other Trichoderma species. Structural variants revealed genomic rearrangements among Th3844, Th0179, Ta0020, and Tr0711 relative to the T. reesei QM6a reference genome and showed the functional effects of such variants. In conclusion, the findings presented herein allow the visualization of genetic diversity in the evaluated strains and offer opportunities to explore such fungal genomes in future biotechnological and industrial applications. (AU)

• Processo FAPESP: 15/09202-0 - Estudo de regiões genômicas de Trichoderma harzianum associadas ao controle da expressão de enzimas envolvidas na degradação de biomassa
• Beneficiário: Anete Pereira de Souza
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 18/19660-4 - Elucidação de mecanismos genéticos envolvidos na hidrólise de biomassa vegetal por meio de genômica funcional
• Beneficiário: Anete Pereira de Souza
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 20/13420-1 - Avaliação da influência da luz na expressão de enzimas hidrolíticas para a bioprospecção de fungos do gênero Trichoderma com potencial hidrolítico
• Beneficiário: Rafaela Rossi Rosolen
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 20/10536-9 - Organização e integração de dados de larga escala para estudo das dinâmicas de expressão de MAP quinases do fungo Aspergillus fumigatus em diversas condições genéticas e ambientais
• Beneficiário: Maria Augusta Crivelente Horta
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico