RCPedia: a global resource for studying and exploring retrocopies in diverse species

Autor(es)

Conceicao, Helena B. ; Mercuri, Rafael L., V ; de Castro, Matheus P. M. ; Ohara, Daniel T. ; Guardia, Gabriela D. A. ; Galante, Pedro A. F.

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: Bioinformatics; v. 40, n. 9, p. 5-pg., 2024-09-10.

Resumo

Motivation Gene retrocopies arise from the reverse transcription and genomic insertion of processed mRNA transcripts. These elements have significantly contributed to genetic diversity and novelties throughout the evolution of many species. However, the study of retrocopies has been challenging, owing to the absence of comprehensive, complete, and user-friendly databases for diverse species.Results Here, we introduce an improved version of RCPedia, an integrative database meticulously designed for the study of retrocopies. RCPedia offers an extensive catalog of retrocopies identified across 44 species, which includes 13 primates, 4 rodents, 6 chiropterans, 12 other mammals, 4 birds, turtles, lizards, frogs, zebrafish, and Drosophila. The database offers the most complete compilation of retrocopies per species, accompanied by detailed genomic annotations, expression data, and links to other data portals. Furthermore, RCPedia features a streamlined representation of data and an efficient querying system, establishing it as an invaluable tool for researchers in the fields of genomics, evolutionary biology, and transposable elements (TEs). In summary, RCPedia aims to enhance the investigation of retrocopies and their pivotal roles in shaping the genomic landscapes of diverse species.Availability and implementation RCPedia is available at https://www.rcpediadb.org. (AU)

• Processo FAPESP: 24/00078-4 - Uma investigação abrangente da inter-relação entre retrocópias e câncer
• Beneficiário: Helena Beatriz da Conceição
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 18/15579-8 - Retroelementos: uma força motriz criando novidades genéticas no genoma humano e de camundongos
• Beneficiário: Pedro Alexandre Favoretto Galante
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores - Fase 2
• Processo FAPESP: 20/02413-4 - Retrocópias intragênicas como fonte de novos domínios proteicos em humanos
• Beneficiário: Rafael Luiz Vieira Mercuri
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Processo FAPESP: 18/13613-4 - Estudo da contribuição de retrocópias na origem de novas regiões gênicas
• Beneficiário: Helena Beatriz da Conceição
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Processo FAPESP: 17/19541-2 - Impacto de proteínas de ligação a RNA na desregulação de splicing em glioblastoma
• Beneficiário: Gabriela Der Agopian Guardia
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado