| Texto completo | |
| Autor(es): |
Batista, Marcelo
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Montoni, Fabio
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Campos, Cristiano
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Nogueira, Ronaldo
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Armelin, Hugo A.
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Reis, Marcelo S.
Número total de Autores: 6
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| Tipo de documento: | Artigo Científico |
| Fonte: | ADVANCES IN BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, BSB 2023; v. 13954, p. 12-pg., 2023-01-01. |
| Resumo | |
Properly modeling the dynamics of cell signaling pathways requires several steps, such as selecting a subset of chemical reactions, mapping them into a mathematical model that deals with the communication of the pathway with the remainder of the cell (e.g., systems of universal differential equations - UDEs), inferring model parameters, and selecting the best model based on experimental data. However, this entire process can be extremely laborious and time-consuming for many researchers, as they often have to access different and complicated tools to achieve this goal. To address the challenges associated with this process in a more efficient way, we propose a framework that provides a streamlined approach tailored for universal differential equation UDE-based cell signaling pathway modeling. The open-source, free framework (github.com/Dynamic-Systems-Biology/BSB-2023-Framework) combines parameter inference algorithms, model selection techniques, and data importation from public repositories of biochemical reactions into a single tool. We provide an example of the usage of the proposed framework in a Julia Jupyter notebook. We expect that this streamlined approach will enable researchers to design improved cell signaling pathway models more easily, which may lead to new insights and discoveries in the study of biological mechanisms. (AU) | |
| Processo FAPESP: | 20/10329-3 - Seleção Bayesiana de modelos de vias de sinalização celular e projeto de classificadores de proliferação celular |
| Beneficiário: | Cássia Sampaio Sanctos |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico |
| Processo FAPESP: | 19/24580-2 - Seleção bayesiana de modelos dinâmicos de vias não isoladas de sinalização celular |
| Beneficiário: | Ronaldo Nogueira de Sousa |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Doutorado Direto |
| Processo FAPESP: | 13/07467-1 - CeTICS - Centro de Toxinas, Imuno-Resposta e Sinalização Celular |
| Beneficiário: | Hugo Aguirre Armelin |
| Modalidade de apoio: | Auxílio à Pesquisa - Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão - CEPIDs |
| Processo FAPESP: | 21/04355-4 - Implementações eficientes de métodos Bayesianos para seleção de modelos de vias de sinalização celular |
| Beneficiário: | Willian Wang |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Iniciação Científica |
| Processo FAPESP: | 20/08555-5 - Projeto de um banco de dados de reações bioquímicas para seleção de modelos de vias de sinalização celular |
| Beneficiário: | Fabio Montoni |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico |
| Processo FAPESP: | 19/21619-5 - Buscando as zonas de Goldilocks de vias de sinalização celular em terapia de câncer |
| Beneficiário: | Marcelo da Silva Reis |
| Modalidade de apoio: | Auxílio à Pesquisa - Regular |