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High-throughput protein crystallography to empower natural product-based drug discovery

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Meneghello, Raphael ; Rustiguel, Joane K. ; de Araujo, Evandro Ares ; de Felicio, Rafael ; Fernandes, Arthur Zanetti N. ; Ferreira, Everton L. F. ; Gubiani, Juliana R. ; Takeda, Agnes A. S. ; Araujo, Amanda ; de Lima Silva, Caio C. ; Bertonha, Ariane F. ; Urano, Raquel P. M. ; Trindade, Daniel M. ; Cunha, Thiago M. ; Cardoso, Alisson C. ; Berlinck, Roberto G. S. ; Ziem Nascimento, Andrey F. ; Trivella, Daniela B. B.
Número total de Autores: 18
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS; v. 81, p. 14-pg., 2025-05-01.
Resumo

Nature is a rich and largely untapped reservoir of small molecules, the latter historically being the main source of new drugs. Three-dimensional structures of proteins in complex with small-molecule ligands represent key information to progress drug-discovery projects, in particular in the hit-to-lead phase. High-throughput crystallography has been of extensive use in recent years, especially to obtain crystallographic complexes of synthetic ligands and fragments. However, the process of discovering novel bioactive natural products has experienced limitations that have long prevented large drug-discovery programs using this outstanding source of molecules. Recent technologies have contributed to the re-emergence of natural products in modern drug discovery. We present the use of high-throughput protein crystallography to directly capture bioactive natural products from unpurified biota chemical samples using protein crystals. These routines, which are currently in use at the Brazilian Centre for Research in Energy and Materials (CNPEM), are introduced with a description of crystal preparation, automated data collection and processing at the MANACA beamline (Sirius, LNLS, CNPEM), along with case examples of bioactive natural product capture using protein crystals. The usefulness of this pipeline, which accelerates the discovery and structural elucidation of both known and previously unknown bioactive natural products, paves the way for the development of innovative therapeutic agents, thus contributing to the new era of natural product-based drug discovery. (AU)

Processo FAPESP: 19/13497-7 - Descoberta de moléculas antimicrobianas relacionadas a formação da parede bacteriana
Beneficiário:Caio Cesar de Lima Silva
Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Processo FAPESP: 15/01017-0 - EMU concedido no âmbito do projeto aprovado 2013/50228-8, nome do equipamento: uPLC-HRMS (cromatógrafo líquido de ultra resolução acoplado com espectrômetro de massas de alta resolução)
Beneficiário:Roberto Gomes de Souza Berlinck
Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa Equipamentos Multiusuários
Processo FAPESP: 14/10753-9 - Bioprospecção e desenho racional para a descoberta de novas gerações de inibidores do proteassomo
Beneficiário:Daniela Barretto Barbosa Trivella
Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
Processo FAPESP: 21/01309-1 - Isolamento e caracterização de metabólitos secundários com potencial de ação antibacteriana
Beneficiário:Ariane Fernandes Bertonha Delezuk
Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Processo FAPESP: 23/01133-6 - Caracterização e otimização estrutural de ligantes de alvos proteicos relacionados a processos inflamatórios estudados pelo CRID
Beneficiário:Ariane Fernandes Bertonha Delezuk
Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Processo FAPESP: 19/17721-9 - A função da Química na adaptação de holobiontes
Beneficiário:Roberto Gomes de Souza Berlinck
Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático