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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

In silico analysis of Simple Sequence Repeats from chloroplast genomes of Solanaceae species

Texto completo
Autor(es):
Tambarussi, Evandro Vagner [1] ; Melotto-Passarin, Danila Montewka [1] ; Gonzalez, Simone Guidetti [1] ; Brigati, Joice Bissoloti [1] ; de Jesus, Frederico Almeida [1] ; Barbosa, Andre Luis [1] ; Dressano, Keim [1] ; Carrer, Helaine [1]
Número total de Autores: 8
Afiliação do(s) autor(es):
[1] Univ Sao Paulo, Escola Super Agr Luiz de Queiroz, Dept Ciencias Biol, BR-13418900 Piracicaba, SP - Brazil
Número total de Afiliações: 1
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: Crop Breeding and Applied Biotechnology; v. 9, n. 4, p. 344-352, DEC 2009.
Citações Web of Science: 8
Resumo

The availaibilty of chloroplast genome (cpDNA) sequences of Atropa belladonna, Nicotiana sylvestris, N tabacum, N tomentosiformis, Solanum bulbocastanum, S lycopersicum and S tuberosum, which are Solanaceae species, allowed us to analyze the organization of cpSSRs in their genic and intergenic regions In general, the number of cpSSRs in cpDNA ranged from 161 in S tuberosum to 226 in N tabacum, and the number of intergenic cpSSRs was higher than genic cpSSRs The mononucleotide repeats were the most frequent in studied species, but we also identified di-, tri-, tetra-, penta- and hexanucleotide repeats Multiple alignments of all cpSSRs sequence from Solanaceae species made the identification of nucleotide variability possible and the phylogeny was estimated by maximum parsimony Our study showed that the plastome database can be exploited for phylogenetic analyses and biotechnological approaches (AU)

Processo FAPESP: 07/05797-3 - Estudo de genes da família SnRK relacionados ao acúmulo de sacarose em cana-de-açúcar
Beneficiário:Frederico Almeida de Jesus
Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
Processo FAPESP: 06/59512-7 - Analise transcricional da regiao do albedo de citros para identificar genes para o controle do fungo guignardia citricarpa.
Beneficiário:Joice Bissoloti Brigati
Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
Processo FAPESP: 05/58117-4 - Identificação e análise de expressão de genes de citros relacionados à mancha preta de citros
Beneficiário:Simone Guidetti Gonzalez
Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
Processo FAPESP: 07/05795-0 - Desenvolvimento de metodologias biotecnológicas para micropropagação, regeneração e transformação genética de teca (Tectona grandis L. f.) visando resistência à Hyblaea puera
Beneficiário:Evandro Vagner Tambarussi
Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado