Reference Gene Selection for Gene Expression Analysis of Oocytes Collected from Dairy Cattle and Buffaloes during Winter and Summer

Autor(es):Mostrar menos -

Macabelli, Carolina Habermann ^{[1, 2]} ; Ferreira, Roberta Machado ^{[1, 3]} ; Gimenes, Lindsay Unno ^[4] ; Tonizza de Carvalho, Nelcio Antonio ^[5] ; Soares, Julia Gleyci ^[3] ; Ayres, Henderson ^{[3, 6]} ; Ferraz, Marcio Leao ^[7] ; Watanabe, Yeda Fumie ^[8] ; Watanabe, Osnir Yoshime ^[8] ; Sangalli, Juliano Rodrigues ^{[1, 9]} ; Smith, Lawrence Charles ^[10] ; Baruselli, Pietro Sampaio ^[3] ; Meirelles, Flavio Vieira ^{[1, 9]} ; Chiaratti, Marcos Roberto ^{[1, 9, 2]}

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] Univ Sao Paulo, Fac Zootecnia & Engn Alimentos, Dept Med Vet, Pirassununga, SP - Brazil

^[2] Univ Fed Sao Carlos, Ctr Ciencias Biol & Saude, Dept Genet & Evolucao, BR-13560 Sao Carlos, SP - Brazil

^[3] Univ Sao Paulo, Fac Med Vet & Zootecnia, Dept Reprod Anim, Sao Paulo - Brazil

^[4] Univ Estadual Paulista, Fac Ciencias Agr & Vet, Dept Reprod Anim, Jaboticabal, SP - Brazil

^[5] APTA, Unidade Pesquisa Desenvolvimento Registro, Registro, SP - Brazil

^[6] Vida Reprod Consultoria, Cravinhos, SP - Brazil

^[7] MSD Saude Anim, Sao Paulo - Brazil

^[8] LTDA, WTA Tecnol Aplicada, Cravinhos, SP - Brazil

^[9] Univ Sao Paulo, Fac Med Vet & Zootecnia, Dept Cirurgia, Sao Paulo - Brazil

^[10] Univ Montreal, Fac Med Vet, Ctr Rech Reprod Anim, St Hyacinthe, PQ J2S 7C6 - Canada

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: PLoS One; v. 9, n. 3 MAR 27 2014.
• Citações Web of Science: 13

Resumo

Oocytes from dairy cattle and buffaloes have severely compromised developmental competence during summer. While analysis of gene expression is a powerful technique for understanding the factors affecting developmental hindrance in oocytes, analysis by real-time reverse transcription PCR (RT-PCR) relies on the correct normalization by reference genes showing stable expression. Furthermore, several studies have found that genes commonly used as reference standards do not behave as expected depending on cell type and experimental design. Hence, it is recommended to evaluate expression stability of candidate reference genes for a specific experimental condition before employing them as internal controls. In acknowledgment of the importance of seasonal effects on oocyte gene expression, the aim of this study was to evaluate the stability of expression levels of ten well-known reference genes (ACTB, GAPDH, GUSB, HIST1H2AG, HPRT1, PPIA, RPL15, SDHA, TBP and YWHAZ) using oocytes collected from different categories of dairy cattle and buffaloes during winter and summer. A normalization factor was provided for cattle (RPL15, PPIA and GUSB) and buffaloes (YWHAZ, GUSB and GAPDH) based on the expression of the three most stable reference genes in each species. Normalization of non-reference target genes by these reference genes was shown to be considerably different from normalization by less stable reference genes, further highlighting the need for careful selection of internal controls. Therefore, due to the high variability of reference genes among experimental groups, we conclude that data normalized by internal controls can be misleading and should be compared to not normalized data or to data normalized by an external control in order to better interpret the biological relevance of gene expression analysis. (AU)

• Processo FAPESP: 09/00938-3 - Efeito da época do ano na qualidade oocitária e na produção in vitro de embriões de fêmeas holandesas (Bos taurus) de diferentes categorias
• Beneficiário: Pietro Sampaio Baruselli
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 10/13384-3 - Efeito da introdução de de mitocôndrias embrionárias ou somáticas nos zigotos sobre o desenvolvimento e a herança mitocondrial em bovinos
• Beneficiário: Flávio Vieira Meirelles
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 11/14207-0 - Efeito da estação do ano na qualidade dos oócitos de búfalas (Bubalus bubalis): análise da expressão gênica e do número de cópias de DNA mitocondrial
• Beneficiário: Carolina Habermann Macabelli
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Processo FAPESP: 10/09561-7 - Efeito da introdução de uma grande quantidade de mitocôndrias embrionárias ou somáticas sobre o desenvolvimento e a herança mitocondrial em bovinos
• Beneficiário: Marcos Roberto Chiaratti
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 12/07510-1 - Avaliação molecular da maturação oocitária e uso da transferência de citoplasma para aumentar a competência de oócitos de vacas repetidoras de serviço
• Beneficiário: Roberta Machado Ferreira Saran
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado