Análise de genomas completos e parciais do vírus da imunodeficiência humana do tipo 1 (HIV-1) em pacientes pediátricos da Cidade de São Paulo, Brasil

Resumo

A variabilidade genética é uma das maiores características do vírus da imunodeficiência humana do tipo 1 (HIV-1) sendo considerada um dos fatores cruciais nas frustradas tentativas de controle da epidemia e no desenvolvimento de uma vacina. O entendimento da diversidade é fundamental não somente para o sucesso no desenvolvimento de vacinas e drogas, mas também para entender a epidemiologia e o diagnostico genético. Realizaremos análise do genoma completo do HIV-1 isolados de coorte pediátrica, com crianças infectadas por transmissão vertical no Estado de São Paulo, onde pretendemos, otimizar estratégias de diagnóstico do HIV-1, identificar assinaturas e polimorfismos no genoma viral e suas associações com a evolução biológica dos níveis de linfócitos T CD4 e carga viral plasmática, fornecer uma estimativa de conservação para resposta a vários subtipos de HIV-1 em celulas T citototoxicas, melhorando a caracterização atraves de epitopos anti-HIV-1, comparando as seqüências de proteínas preditas de nossas amostras com seqüências de referências de epítopo ideais a um grande número de alelos HLA classe I e II, cobrindo mais de 90% dos haplótipos em diferentes populações, analisar a variabilidade de aminoácidos nos Linfócitos T Citotóxicos e T-Helper baseado em epitopos conhecidos, buscar e caracterizar possíveis Formas Recombinantes Circulantes (CRFs) específicas, identificar um possível padrão de recombinação entre amostras circulantes, verificando tendências evolutivas que podem estar ocorrendo na epidemia desta população, incrementar o número de sequências de HIV-1 brasileiros caracterizados em mais de uma região do genoma, ainda pouco representado no mundo, descrever a estabilidade da classificação original de subtipos ao nível de genoma completo, avaliar a prevalência de resistência em pacientes pediátricos, visto que todos os estudos realizados até o momento relatam apenas a avaliação de "trechos" dos genomas.A extração do DNA proviral será realizada a partir de células mononucleares de sangue periférico (PBMC), a amplificação será através de reação em cadeia da polimerase (PCR) em dois "rounds" de acordo com os protocolos estabelecidos em nosso laboratório, sendo feita em 5 fragmentos em sobreposição que cobrem todo o genoma do HIV-1. Os produtos serão sequenciados em fragmentos menores. Todas sequências serão processadas através de análises filogenéticas. Informações sobre a evolução, estatísticas de coorte, genética do hospedeiro, mapeamento de epítopos, dados clínicos, imunológicos e epidemiológicos serão cruzados com sequências virais para permitir estudos de associação subseqüentes. (AU)