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Determinação de Complexos entre Proteínas e Ligantes usando Dados Experimentais Esparsos

Processo: 13/18398-0
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Doutorado
Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2013
Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2017
Área de conhecimento:Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
Pesquisador responsável:Glaucius Oliva
Beneficiário:Antonio Marinho da Silva Neto
Instituição Sede: Instituto de Física de São Carlos (IFSC). Universidade de São Paulo (USP). São Carlos , SP, Brasil
Assunto(s):Biologia estrutural
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Complexos proteína-proteína | Biologia Estrutural

Resumo

Esse projeto tem como objetivo analisar o impacto da plasticidade das superfícies e de sítios ativos na interação de proteínas com outras proteínas e de proteínas com ligantes. A nossa intenção é de combinar dados oriundos de Cristalografia por Raios-X e Ressonância Magnética Nuclear (RMN) para modelar a interação flexível entre uma proteína e seu parceiro. Para isso, iremos empregar um método para Dinâmica Molecular Auxiliada por RMN desenvolvido pelo nosso grupo em colaboração com o professor Michelle Vendruscolo do Departamento de Química da Universidade de Cambridge.

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Publicações científicas (4)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
DA SILVA NETO, ANTONIO MARINHO; SILVA, SAMUEL REGHIM; VENDRUSCOLO, MICHELE; CAMILLONI, CARLO; MONTALVAO, RINALDO WANDER. A superposition free method for protein conformational ensemble analyses and local clustering based on a differential geometry representation of backbone. PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS, v. 87, n. 4, p. 302-312, . (13/20929-4, 13/18398-0)
DA SILVA NETO, ANTONIO MARINHO; MONTALVAO, RINALDO WANDER; GONDIM MARTINS, DANYELLY BRUNESKA; DE LIMA FILHO, JOSE LUIZ; MADEIROS CASTELLETTI, CARLOS HENRIQUE. A model of key residues interactions for HPVs E1 DNA binding domain-DNA interface based on HPVs residues conservation profiles and molecular dynamics simulations. JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS, v. 38, n. 12, p. 10-pg., . (13/18398-0)
DA SILVA NETO, ANTONIO MARINHO; MONTALVAO, RINALDO WANDER; GONDIM MARTINS, DANYELLY BRUNESKA; DE LIMA FILHO, JOSE LUIZ; MADEIROS CASTELLETTI, CARLOS HENRIQUE. A model of key residues interactions for HPVs E1 DNA binding domain-DNA interface based on HPVs residues conservation profiles and molecular dynamics simulations. JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS, . (13/18398-0)
SARAIVA MACEDO TIMMERS, LUIS FERNANDO; NETO, ANTONIO M. S.; MONTALVAO, RINALDO W.; BASSO, LUIZ A.; SANTOS, DIOGENES S.; DE SOUZA, OSMAR NORBERTO. EPSP synthase flexibility is determinant to its function: computational molecular dynamics and metadynamics studies. Journal of Molecular Modeling, v. 23, n. 7, . (11/11343-0, 13/18398-0)
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
SILVA NETO, Antonio Marinho da. Geometria diferencial e teoria da informação aplicada a análise de ensembles conformacionais de proteínas. 2017. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Física de São Carlos (IFSC/BT) São Carlos.