Sequenciamento em larga escala dos genomas do HIV na forma de RNA livre e DNA integrado: comparação entre os subtipos gerados, mutações relacionadas a resistência de drogas e o uso de co-receptores

Resumo

O vírus HIV é conhecido por apresentar uma enorme variação genética. Mesmo em um único indivíduo, a infecção pode ser causada por um grande número de variantes altamente relacionadas, mas geneticamente diferentes. Embora a maior parte das variações genéticas seja derivada de mutações introduzidas pelo erro propenso à transcriptase reversa, a recombinação viral contribui significativamente para a evolução genética. Na prática clínica, os genótipos e o tropismo são características virais comumente definidas a partir do RNA no plasma com representação da população viral através do método convencional de sequenciamento (Sanger), mas este ensaio não é capaz de detectar as variantes minoritárias. O sequenciamento em larga escala (SLE) detecta clones individuais, sendo assim muito mais sensível. Detectar mutações que conferem a resistência ao tratamento do HIV (MRTs) e encontrar o tipo de co-receptor utilizado pelo vírus em sequências provirais (sequências integradas ao DNA do hospedeiro) pode ser mais fácil e menos dispendioso do que no vírus de RNA encontrado no plasma, mas a sua relevância clínica ainda não está tão clara. Assim, os resultados de estudos comparativos entre o plasma e a população viral nas células mononucleares do sangue periférico (PBMC) são necessários, para assim selecionar a troca de amostra e obter resultados confiáveis. Em nosso último estudo, conseguimos gerar 270 genomas provirais de HIV-1 com comprimento quase completo (NFLG) utilizando o sequenciamento de larga escala. Neste projeto atual que tem como objetivo explorar ainda mais os nossos dados de sequenciamento (SLE) do HIV-1, a população viral plasmática (n=70) será comparada a população encontrada no PBMC em termos de diversidade genética, mutações de resistência e uso de co-receptor. Para este fim, o RNA viral será extraído e convertido em DNA de cadeia dupla. Consequentemente, o dsDNA será diretamente fragmentado, molecularmente marcado, reunido (pool) e sequenciado, utilizando o protocolo da Illumina (informações detalhadas dos resultados do projeto piloto estão inseridas no projeto). O resultado deste estudo será importante para assim melhorar o nosso entendimento sobre a evolução do HIV-1 dentro dos hospedeiros e resolver se as variantes virais no PBMC e plasma diferem drasticamente e quais são as implicações destas variantes em predizer os resultados do tratamento e uso de co-receptor. (AU)