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Análises de bioinformática de dados de metagenômica viral de animais do Brasil e Antártida

Processo: 15/05778-5
Modalidade de apoio:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
Data de Início da vigência: 17 de novembro de 2015
Data de Término da vigência: 16 de novembro de 2016
Área de conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia
Pesquisador responsável:Luiz Tadeu Moraes Figueiredo
Beneficiário:William Marciel de Souza
Supervisor: Pablo Murcia
Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Instituição Anfitriã: University of Glasgow, Escócia  
Vinculado à bolsa:12/24150-9 - Pesquisa de vírus em roedores silvestres, mosquitos e carrapatos, BP.DR
Assunto(s):Virologia   Metagenômica   Vírus de RNA   Biologia computacional
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:bioinformática | metagenômica | Viroma | Virus Emergentes | Vírus RNA | Vírus zoonóticos | Virologia

Resumo

Os sequenciamentos de nova geração (NSG) são cada vez mais utilizados em estudos metagenômica. É em grande parte devido à grande capacidade de dados gerados em uma amostra. O presente estudo avalia a aplicabilidade da plataforma de sequenciamento de próxima geração (Illumina) para análise metagenômica viral das amostras de roedores silvestres, gambá, morcegos, pássaros, capturados em diferentes lugares no Brasil e em amostras de pinguins, Elefantes Marinho e Artrópodes coletados na Ilha Rei George, Antarctica. Além disso, pretende-se obter sequências genômicas completas de 10 arbovírus isolados no Brasil. Assim, as ferramentas de bioinformática que será utilizado para a análise de uma enorme quantidade de dados de sequência do genoma do vírus. O principal objetivo deste estudo é realizar a análise de dados NGS de metagenômica viral, bem como reconhecer espécies de vírus nas amostras estudadas e também para determinar as suas variantes mais proeminentes e abundância. (AU)

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Publicações científicas (19)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
NUNES-NETO, JOAQUIM PINTO; DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; ACRANI, GUSTAVO OLSZANSKI; ROMEIRO, MARILIA FARIGNOLI; FUMAGALLI, MARCILIOJORGE; VIEIRA, LUIZ CARLOS; DE ALMEIDA MEDEIROS, DANIELE BARBOSA; LIMA, JULIANA ABREU; SILVA DE LIMA, CLAYTON PEREIRA; CARDOSO, JEDSON FERREIRA; et al. Characterization of the Bujaru, frijoles and Tapara antigenic complexes into the sandfly fever group and two unclassified phleboviruses from Brazil. JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY, v. 98, n. 4, p. 585-594, . (12/24150-9, 16/01414-1, 14/20851-8, 15/05778-5, 13/14929-1, 14/15079-4, 14/02438-6)
CHIANG, JANNIFER OLIVEIRA; DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; TEIXEIRA NUNES, MARCIO ROBERTO; ACRANI, GUSTAVO OLSZANSKI; DE ANDRADE TRAVASSOS DA ROSA, AMELIA PAES; DE FREITAS, NELMA MESQUITA; DA SILVA, SANDRO PATROCA; DORTA DA SILVA, PEDRO HENRIQUE; DE SOUSA, ALANA WATANABE; RODRIGUES, SUELI GUERREIRO; et al. Characterization of the Gamboa Virus Serogroup (Orthobunyavirus Genus, Peribunyaviridae Family). American Journal of Tropical Medicine and Hygiene, v. 98, n. 5, p. 1502-1511, . (15/05778-5, 12/24150-9)
DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; ROMEIRO, MARILIA FARIGNOLI; SABINO-SANTOS, JR., GILBERTO; MOTTA MAIA, FELIPE GONCALVES; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; MODHA, SEJAL; TEIXEIRA NUNES, MARCIO ROBERTO; MURCIA, PABLO RAMIRO; MORAES FIGUEIREDO, LUIZ TADEU. Novel orthohepeviruses in wild rodents from Sao Paulo State, Brazil. VIROLOGY, v. 519, p. 12-16, . (16/02568-2, 12/24150-9, 17/13981-0, 16/01414-1, 14/20851-8, 15/05778-5, 13/14929-1, 11/06810-9, 08/06411-4, 11/22663-6, 06/00572-0)
DENNIS, TRISTAN P. W.; FLYNN, PETER J.; DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; SINGER, JOSHUA B.; MOREAU, CORRIE S.; WILSON, SAM J.; GIFFORD, ROBERT J.. Insights into Circovirus Host Range from the Genomic Fossil Record. Journal of Virology, v. 92, n. 16, . (17/13981-0, 15/05778-5, 12/24150-9)
DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; DE ARAUJO, JANSEN; SABINO-SANTOS, JR., GILBERTO; MOTTA MAIA, FELIPE GONSALVES; ROMEIRO, MARILIA FARIGNOLI; MODHA, SEJAL; NARDI, MARCELLO SCHIAVO; QUEIROZ, LUZIA HELENA; DURIGON, EDISON LUIZ; et al. Discovery of novel anelloviruses in small mammals expands the host range and diversity of the Anelloviridae. VIROLOGY, v. 514, p. 9-17, . (16/02568-2, 12/24150-9, 16/01414-1, 14/20851-8, 15/05778-5, 13/14929-1, 11/06810-9, 08/06411-4, 11/22663-6, 06/00572-0)
DE SOUZA, WILLIAM MARCIE; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; TORRES CARRASCO, ADRIANO DE OLIVEIRA; ROMEIRO, MARILIA FARIGNOLI; MODHA, SEJAL; SEKI, MEIRE CHRISTINA; GHELLER, JANAINA MENEGAZZO; DAFFRE, SIRLEI; TEIXEIRA NUNES, MARCIO ROBERTO; MURCIA, PABLO RAMIRO; et al. Viral diversity of Rhipicephalus microplus parasitizing cattle in southern Brazil. SCIENTIFIC REPORTS, v. 8, . (16/01414-1, 14/02438-6, 15/05778-5, 13/14929-1, 12/24150-9, 17/13981-0, 14/20851-8)
FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; DE ARAUJO, JANSEN; MODHA, SEJAL; QUEIROZ, LUZIA HELENA; DURIGON, EDISON LUIZ; MURCIA, PABLO RAMIRO; MORAES FIGUEIREDO, LUIZ TADEU. Krykfeie dicistrovirus: A novel dicistrovirus in velvety free-tailed bats from Brazil. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION, v. 75, . (12/24150-9, 17/13981-0, 16/01414-1, 06/00572-0, 13/14929-1, 14/20851-8, 15/05778-5)
DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; SABINO-SANTOS, JR., GILBERTO; MOTTA MAIA, FELIPE GONCALVES; MODHA, SEJAL; TEIXEIRA NUNES, MARCIO ROBERTO; MURCIA, PABLO RAMIRO; MORAES FIGUEIREDO, LUIZ TADEU. A Novel Hepacivirus in Wild Rodents from South America. Viruses-Basel, v. 11, n. 3, . (12/24150-9, 17/13981-0, 16/01414-1, 13/14929-1, 16/02568-2, 11/06810-9, 08/06411-4, 11/22663-6, 15/05778-5)
DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; CARRERA, JEAN PAUL; DE ARAUJO, JANSEN; CARDOSO, JEDSON FERREIRA; DE CARVALHO, CRISTIANO; DURIGON, EDISON LUIZ; QUEIROZ, LUZIA HELENA; FARIA, NUNO RODRIGUES; MURCIA, PABLO R.; et al. Paramyxoviruses from neotropical bats suggest a novel genus and nephrotropism. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION, v. 95, . (15/05778-5, 19/24251-9, 06/00572-0, 13/14929-1, 18/09383-3, 17/13981-0, 18/14389-0)
TEIXEIRA NUNES, MARCIO ROBERTO; DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; SAVJI, NAZIR; FIGUEIREDO, MARIO LUIS; CARDOSO, JEDSON FERREIRA; DA SILVA, SANDRO PATROCA; DA SILVA DE LIMA, CLAYTON PEREIRA; VASCONCELOS, HELENA BALDEZ; RODRIGUES, SUELI GUERREIRO; LIPKIN, W. IAN; et al. Oropouche orthobunyavirus: Genetic characterization of full-length genomes and development of molecular methods to discriminate natural reassortments. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION, v. 68, p. 16-22, . (12/24150-9, 17/13981-0, 15/05778-5)
SILVA, S. P.; SILVA, L. N. P. P.; RODRIGUES, E. D. L.; CARDOSO, J. F.; TAVARES, F. N.; SOUZA, W. M.; SANTOS, C. M. P.; MARTINS, F. M. S.; JESUS, I. S.; BRITO, T. C.; et al. Full-length genomic and molecular characterization of Canine parvovirus in dogs from North of Brazil. Genetics and Molecular Research, v. 16, n. 3, . (15/05778-5, 12/24150-9)
MOTTA MAIA, FELIPE GONCALVES; DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; SABINO-SANTOS, JR., GILBERTO; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; MODHA, SEJAL; MURCIA, PABLO RAMIRO; MORAES FIGUEIREDO, LUIZ TADEU. A novel polyomavirus in sigmodontine rodents from So Paulo State, Brazil. ARCHIVES OF VIROLOGY, v. 163, n. 10, p. 2913-2915, . (12/24150-9, 17/13981-0, 16/01414-1, 13/14929-1, 16/02568-2, 11/06810-9, 08/06411-4, 11/22663-6, 15/05778-5)
DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; DE ARAUJO, JANSEN; OMETTO, TATIANA; MODHA, SEJAL; THOMAZELLI, LUCIANO MATSUMIYA; DURIGON, EDISON LUIS; MURCIA, PABLO RAMIRO; MORAES FIGUEIREDO, LUIZ TADEU. Discovery of novel astrovirus and calicivirus identified in ruddy turnstones in Brazil. SCIENTIFIC REPORTS, v. 9, . (11/13821-7, 12/24150-9, 17/13981-0, 16/01414-1, 15/05778-5, 18/09383-3, 13/05485-2, 13/14929-1, 09/05994-9)
DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; ROMEIRO, MARILIA FARIGNOLI; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; MODHA, SEJAL; DE ARAUJO, JANSEN; QUEIROZ, LUZIA HELENA; DURIGON, EDISON LUIZ; MORAES FIGUEIREDO, LUIZ TADEU; MURCIA, PABLO RAMIRO; GIFFORD, ROBERT JAMES. Chapparvoviruses occur in at least three vertebrate classes and have a broad biogeographic distribution. JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY, v. 98, n. 2, p. 225-229, . (12/24150-9, 16/01414-1, 14/20851-8, 15/05778-5, 13/14929-1, 06/00572-0)
DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; MARTIN, MATHEUS CAVALHEIRO; DE ARAUJO, JANSEN; ORSI, MARIA ANGELA; SANFILIPPO, LUIZ FRANCISCO; MODHA, SEJAL; DURIGON, EDISON LUIZ; PROENCA-MODENA, JOSE LUIZ; ARNS, CLARICE WEIS; et al. Pingu virus: A new picornavirus in penguins from Antarctica. VIRUS EVOLUTION, v. 5, n. 2, . (17/13981-0, 12/24150-9, 16/01414-1, 06/00572-0, 13/14929-1, 14/20851-8, 15/05778-5)
DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; ACRANI, GUSTAVO OLSZANSKI; ROMEIRO, MARILIA FARIGNOLI; REIS, JR., OSVALDO; TOLARDO, ALINE LAVADO; DA SILVA, SANDRO PATROCA; DE ALMEIDA MEDEIROS, DANIELE BARBOSA; VARELA, MARIANA; TEIXEIRA NUNES, MARCIO ROBERTO; MORAES FIGUEIREDO, LUIZ TADEU. Molecular characterization of Capim and Enseada orthobunyaviruses. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION, v. 40, p. 47-53, . (14/20851-8, 12/24150-9, 15/05778-5, 13/14929-1, 14/02438-6)
VARELA, MARIANA; PINTO, RUTE MARIA; CAPORALE, MARCO; PIRAS, ILARIA M.; TAGGART, AISLYNN; SEEHUSEN, FRAUKE; HAHN, KERSTIN; JANOWICZ, ANNA; DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; BAUMGAERTNER, WOLFGANG; et al. Mutations in the Schmallenberg Virus Gc Glycoprotein Facilitate Cellular Protein Synthesis Shutoff and Restore Pathogenicity of NSs Deletion Mutants in Mice. Journal of Virology, v. 90, n. 11, p. 5440-5450, . (15/05778-5)
DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; ACRANI, GUSTAVO OLSZANSKI; ROMEIRO, MARILIA FARIGNOLI; REIS JUNIOR, OSVALDO; TOLARDO, ALINE LAVADO; SERRAO DE ANDRADE, AMANDA ARAUJO; GONCALVES VIANEZ JUNIOR, JOAO LIDIO DA SILVA; DE ALMEIDA MEDEIROS, DANIELE BARBOSA; TEIXEIRA NUNES, MARCIO ROBERTO; MORAES FIGUEIREDO, LUIZ TADEU. Complete genome sequence of Piry vesiculovirus. ARCHIVES OF VIROLOGY, v. 161, n. 8, p. 2325-2328, . (12/24150-9, 13/14929-1, 14/20851-8, 13/02256-2, 14/02438-6, 15/05778-5)
DE SOUZA, WILLIAM MARCIEL; DENNIS, TRISTAN; FUMAGALLI, MARCILIO JORGE; ARAUJO, JANSEN; SABINO-SANTOS, JR., GILBERTO; MOTTA MAIA, FELIPE GONCALVES; ACRANI, GUSTAVO OLSZANSKI; TORRES CARRASCO, ADRIANO DE OLIVEIRA; ROMEIRO, MARILIA FARIGNOLI; MODHA, SEJAL; et al. Novel Parvoviruses from Wild and Domestic Animals in Brazil Provide New Insights into Parvovirus Distribution and Diversity. Viruses-Basel, v. 10, n. 4, . (11/13821-7, 16/02568-2, 12/24150-9, 17/13981-0, 16/01414-1, 14/20851-8, 15/05778-5, 13/14929-1, 09/05994-9, 11/06810-9, 08/06411-4, 11/22663-6, 06/00572-0)