Histórias metabólicas a partir de dados de transcriptômica

Resumo

Este é um projeto de pesquisa para solicitação da bolsa estágio de pesquisa no exterior (BEPE) - pós-doutorado, a ser realizada no INRIA, em Lyon, França.O trabalho consiste em redefinir formalmente o conceito de histórias metabólicas considerando dados de transcriptômica e metabolômica conjuntamente e de desenvolver um método que seja capaz de enumerar histórias metabólicas a partir de desses dois tipos de dados.Uma história metabólica é originalmente definida considerando-se dados de metabolômica, ou seja, medidas das variações de determinados compostos produzidos por um organismo entre duas situações experimentais distintas.Essencialmente, uma história metabólica é um conjunto de reações pelas quais podemos ter um fluxo de matéria que explique a variação dos compostos medidos.Desejamos redefinir este conceito no contexto de dados de transcriptômica, ou seja, dados que quantificam a presença de moléculas de RNA mensageiro que estão expressas em um determinado momento em uma célula ou em uma população de células.Temos o interesse de estudar, do ponto de vista teórico, a complexidade de enumerar histórias segundo essa nova definição. Do ponto de vista prático, desejamos também desenvolver um método computacional suficientemente robusto para a enumeração de tais estruturas e de desenvolver un pipeline para a análise das histórias geradas. Esse pipeline será baseado na transformação dos dados gerados em vetores de característica e no agrupamento dos mesmos, através de métodos de clustering, em grupos para simplificar sua vizualização e análise. (AU)