A análise de uma região rica em genes do genoma de Passiflora edulis revela regiões micro sintênicas altamente conservadas em duas espécies relacionadas de Malpighiales

• Processo: 18/21400-0
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2018
• Data de Término da vigência: 30 de abril de 2019
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
• Pesquisador responsável: Maria Lúcia Carneiro Vieira
• Beneficiário: Maria Lúcia Carneiro Vieira
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Assunto(s): Sintenia Passiflora
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Genômica de plantas | Malpighiales | Passiflora | Sintenia | Genômica de plantas

Resumo

Passiflora edulis é a espécie mais amplamente cultivada entre os maracujás, principalmente para a produção de suco industrializado e consumo de fruta fresca. Embora tenha importância comercial, pouco se conhece sobre a estrutura do genoma de P. edulis. Para preencher esta lacuna, uma biblioteca genômica foi construída e mais de 100 insertos foram completamente sequenciados. As sequencias foram montadas a partir de leituras longas, e a anotação estrutural resultou na predição de 1.900 genes, provendo dados para futuras análises funcionais. A abundância de elementos repetitivos foi igualmente avaliada. Regiões micro sintênicas de P. edulis comuns a Populus trichocarpa e Manihot esculenta, duas espécies próximas de Malpighiales, com genomas totalmente sequenciados, foram examinadas. Em geral, a ordem dos genes é bem conservada, mas algumas interrupções na colinearidade são detectadas, tais como eventos de inversão e translocação. O nível de micro sintenia entre as sequencias de P. edulis e aquelas comparadas foi surprendente, dado o longo período de divergência que separa essas espécies do seu ancestral comum. Os segmentos ricos em genes de P. edulis são mais compactos, embora seu genoma seja maior. Este estudo fornece a primeiro conjunto acurado de genes de P. edulis, abrindo perspectivas para novos estudos evolutivos envolvendo os genomas de Malpighiales. (AU)