Estabelecimento de uma plataforma de classificação molecular para o meduloblastoma por qPCR em tempo real

• Processo: 18/26437-0
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Pesquisa Inovativa em Pequenas Empresas - PIPE
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2021
• Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2022
• Área do conhecimento: Ciências da Saúde - Medicina - Saúde Materno-infantil
• Pesquisador responsável: Ricardo Bonfim Silva
• Beneficiário: Ricardo Bonfim Silva
• CNAE: Atividades de serviços de complementação diagnóstica e terapêutica
• Pesquisadores principais: Gustavo Alencastro Veiga Cruzeiro
• Pesquisadores associados: Carlos Alberto Oliveira de Biagi Júnior ; Elvis Terci Valera ; Maristella Bergamo Francisco dos Reis
• Auxílio(s) vinculado(s): 24/16668-5 - Validação Multicêntrica e Automação do Protótipo NEOPROFILER-MB, um exame molecular para classificação de Meduloblastoma baseado na tecnologia do RT-qPCR e Inteligência Artificial, AP.PIPE
• Bolsa(s) vinculada(s): 21/03175-2 - Validação da Classificação Molecular do Meduloblastoma em amostras FFPE, BP.TT; 21/01500-3 - Estabelecimento de uma plataforma de classificação molecular para o Meduloblastoma por qPCR em tempo real, BP.PIPE; 21/01815-4 - Validação da classificação molecular do Meduloblastoma em amostras FFPE, BP.TT
• Assunto(s): Oncologia Neoplasias Meduloblastoma Classificação molecular do câncer Reação em cadeia da polimerase via transcriptase reversa quantitativa (qRT-PCR)
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Classificação Molecular | Meduloblastoma | RT-qPCR | Oncologia Molecular

Resumo

Meduloblastoma é o tumor maligno do sistema nervoso central mais frequente em crianças e de acordo a organização mundial de saúde (OMS) é subdividido molecularmente em 4 subgrupos, WNT, SHH (TP53 mutante ou selvagem), o Grupo 3 e o Grupo 4. Estes subgrupos possuem características moleculares e associações clínicas distintas, e diferem no prognóstico dos pacientes impactando na estratificação de risco e do tipo de tratamento a ser utilizado. Por exemplo, o subgrupo WNT é o de melhor prognóstico comparado aos outros e possui uma sobrevida global de 95% em 5 anos e uma frequência de 1 a cada 3 pacientes. Estudos clínicos de fase II nos EUA visam o descalonamento da radioterapia e/ou quimioterapia em pacientes com meduloblastoma WNT, reduzindo sequelas a longo prazo ocasionadas principalmente pela radiação. Este protocolo quando utilizado no Brasil, impactaria de modo positivo na qualidade de vida dos pacientes e também na redução do orçamento dos hospitais públicos. Quanto ao subgrupo SHH, um inibidor desta via, o Vismodegib, está sendo testado como um novo agente subgrupo-específico de tratamento. Hospitais que não utilizam a classificação molecular, estabelecem praticamente um mesmo protocolo de tratamento tóxico e inespecífico para todos os pacientes. Este fator destaca a grande importância da abordagem de classificação molecular para uma medicina de precisão que visa estabelecer o protocolo "ideal" para os diferentes subtipos de tumor. No Brasil e também na América Latina não há a comercialização de nenhum teste molecular para o meduloblastoma, ou seja, seríamos a primeira empresa a implementar comercialmente esse teste molecular. Há alguns Hospitais privados ou público/privados que utilizam o NanoString para classificar o meduloblastoma, uma metodologia desenvolvida internacionalmente e de alto custo, e que necessita ainda de um conjunto mínimo de 6 amostras para processamento e análise, o que gera desvantagens técnicas, de custo e tempo de liberação do resultado. Além disso, estes Hospitais não comercializam o exame, sendo apenas de uso interno e pesquisa, podendo até mesmo se tornar futuros clientes. Em vista do atual cenário, o objetivo deste projeto é estabelecer e validar uma plataforma de classificação molecular do meduloblastoma por uma técnica precisa e de custo-benefício sustentável: o PCR em tempo real (RT-qPCR). O princípio básico é mensurar nível de expressão de um grupo reduzido de genes que será capaz de classificar molecularmente o meduloblastoma utilizando amostras derivadas de tecido parafinado (FFPE). Estes genes serão selecionados através de análises de bioinformática utilizando bancos de dados públicos de transcriptoma de meduloblastoma disponíveis on-line (número aproximado de 1000 casos). Utilizando essa riqueza de informação e a metodologia de árvore de decisão por inteligência artificial, será determinado um conjunto mínimo de genes de alta sensibilidade e especificidade para classificar o meduloblastoma em 3 subgrupos moleculares, WNT, SHH e não WNT/SHH. Posteriormente, esse conjunto de genes será validado por RT-qPCR e as amostras determinadas SHH serão sequenciadas para o gene TP53 em amostras de tecido congelado e parafinado de meduloblastoma em colaboração com o Hospital das Clínicas de Ribeirão Preto-HCFMRP-USP. Para desenvolver esta proposta a NEOGENYS Diagnóstico Molecular possui o apoio de pesquisadores associados e colaboradores, e infraestrutura do Laboratório de Biologia Molecular da Oncologia Pediátrica do HCFMRP-USP, em um convênio já formalizado com a Universidade de São Paulo. Com isto, a expertise de nossa equipe somada à equipe de clínicos e colaboradores posiciona a NEOGENYS como uma empresa que visa democratizar o acesso aos testes moleculares na área de oncologia e de potencial internacional para impactar na saúde pública e qualidade de vida de pacientes oncológicos. (AU)