Validação funcional de um lócus gênico como elemento cis-regulatório associado a distúrbios de coagulação e à COVID-19 severa

• Processo: 20/13240-3
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2021
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2023
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Marcelo Rocha Marques
• Beneficiário: Marcelo Rocha Marques
• Instituição Sede: Faculdade de Odontologia de Piracicaba (FOP). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Piracicaba , SP, Brasil
• Pesquisadores associados: Aline Cristiane Planello ; Ângela Saito
• Auxílio(s) vinculado(s): 25/04123-7 - Enhancer Mechanics and Enhanceropathies, AR.EXT
• Assunto(s): Infecções por Coronavirus COVID-19 SARS-CoV-2 Pandemias Transtornos da coagulação sanguínea Predisposição genética para doença Elementos facilitadores genéticos Cromatina Epigênese genética
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Covid-19 | Distúrbios de Coagulação | Elementos cis-regulatórios | epigenética | Epigenética

Resumo

Embora haja um acelerado avanço no conhecimento da patogênese da COVID-19, pouco é sabido sobre as causas que levam pacientes a responderem, de formas diferentes, durante a evolução dessa doença. Isso sugere que há fatores genéticos que possam ajudar a moldar a forma como cada indivíduo responde à infecção pelo SARS-coronavírus 2. Elementos cis-regulatórios, denominados de enhancers, são os principais determinantes da especificidade da expressão gênica, nos diferentes tipos celulares. Além disso, enhancers estão envolvidos na predisposição genética a doenças. A partir de dados de bancos públicos, principalmente de Genome-wide association studies (GWAS), de High-throughput chromosome conformation capture (Hi-C), de Chromatin Immunoprecipitation with sequencing (ChIP-seq) e de sítios hipersensíveis a DNAse I, nós colhemos evidências que indicam que uma variante genética associada à COVID-19 severa, está inserida em um putativo enhancer de um gene associado a distúrbios de coagulação. Portanto, neste projeto propomos realizar ensaios que busquem comprovar, funcionalmente, que o enhancer, predito por análises in silico, está envolvido na regulação transcricional do referido gene. Para isso, serão realizados os seguintes ensaios: captura da conformação da cromatina (3C); atividade de enhancer in vitro por meio do gene repórter luciferase; ChIP-qPCR, ATAC-seq, deleção da região do enhancer, por meio da tecnologia CRISPR/Cas9 e atividade de enhancer in vivo, por meio da geração de embriões transgênicos de camundongos. A execução deste projeto poderá trazer novos conhecimentos, acerca do envolvimento genético e epigenético no processo normal e distúrbios de coagulação, bem como na patogênese da COVID-19. (AU)