Avaliação do sequenciamento do genoma total para diagnóstico da tuberculose resistente em pacientes do estado de São Paulo

• Processo: 20/12585-7
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Pesquisa em Políticas Públicas
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2022
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2024
• Área do conhecimento: Ciências da Saúde - Saúde Coletiva - Saúde Pública
• Pesquisador responsável: Lucilaine Ferrazoli
• Beneficiário: Lucilaine Ferrazoli
• Instituição Sede: Instituto Adolfo Lutz (IAL). Coordenadoria de Controle de Doenças (CCD). Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). São Paulo , SP, Brasil
• Pesquisadores associados: Ana Marcia de Sá Guimarães ; Angela Pires Brandao ; Cláudia Regina Gonçalves ; Claudio Tavares Sacchi ; Denise Arakaki-Sanchez ; Erica Chimara Silva ; Juliana Failde Gallo ; Juliana Maira Watanabe Pinhata ; Maria Josefa Penon Rujula ; Rosangela Siqueira de Oliveira ; Sidney Bombarda ; Suely Fukasava
• Vinculado ao auxílio: 17/50333-7 - Plano de desenvolvimento institucional em pesquisa do Instituto Adolfo Lutz (PDIp), AP.PDIP
• Bolsa(s) vinculada(s): 22/05493-4 - Avaliação do sequenciamento do genoma total para diagnóstico da tuberculose resistente em pacientes do estado de São Paulo, BP.TT
• Assunto(s): Análise de sequência de DNA Tuberculose Diagnóstico Resistência microbiana a medicamentos Mycobacterium tuberculosis
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: diagnóstico | Mycobacterium tuberculosis | Resistência Microbiana a medicamentos | Sequenciamento do genoma completo | Sequenciamento Ion Torrent | Tuberculose | Tuberculose

Resumo

A tuberculose (TB) permanece como importante problema em saúde pública. De grande preocupação, é o aumento dos casos da TB resistente e a reduzida opção terapêutica para seu tratamento. No Brasil, em 2018 foram notificados 1.119 pacientes com TB resistente a rifampicina (TBRR) ou a rifampicina e isoniazida (TBMR). Do total de casos notificados como TBRR/MR apenas 141 (12,6%) foram testados para fármacos de segunda linha. O teste de sensibilidade aos fármacos (TS) pode ser feito utilizando testes fenotípicos e/ou moleculares. Os TS fenotípicos são trabalhosos e o tempo para obtenção da resposta é longo e os testes moleculares detectam um número reduzido de mutações associadas à resistência. O Sequenciamento do Genoma Total (SGT) tem demonstrado ser uma ferramenta poderosa para determinação da resistência aos fármacos do complexo Mycobacterium tuberculosis (CMTB). O objetivo deste estudo será o de avaliar o SGT utilizando a plataforma Ion Torrent S5 para detecção de resistência aos fármacos utilizados para tratamento da TB, desenvolvimento de uma pipeline para análise de mutações e um laudo de resultados. Serão analisados prospectivamente, por um ano, isolados de CMTB de pacientes TBRR/MR do estado de São Paulo recebidos no Instituo Adolfo Lutz. Os isolados serão submetidos ao SGT pela plataforma Ion Torrent e aos TS fenotípicos por MGIT960. Para a análise genômica, os contigs serão submetidas à detecção de resistência na plataforma online PhyResSE. Para acomodar a necessidade de se detectar resistência a fármacos não incluídos nesta plataforma, será desenvolvida uma pipeline de detecção de resistência aos fármacos de primeira e segunda linha. Será elaborado um modelo de laudo para liberação dos resultados. Para cada fármaco, será calculado a sensibilidade, a especificidade e os valores preditivos positivos e negativos do SGT considerando TS fenotípico como padrão ouro (AU)