Análise da expressão de genes portadores de cassetes de elementos transponíveis e elementos ativos em espécies diplóides (C. canephora, C. eugenoides, C. racemosa) e poliplóide (C. arabica) de Coffea

• Processo: 08/05894-1
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Data de Início da vigência: 01 de outubro de 2008
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2011
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
• Pesquisador responsável: Claudia Marcia Aparecida Carareto
• Beneficiário: Claudia Marcia Aparecida Carareto
• Instituição Sede: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 10/02974-4 - Elementos de transposição transcricionalmente ativos em café: caracterização de transcritos putativamente completos e construção de sondas para identificação de TES por southern blot., BP.TT; 08/09334-0 - Sequenciamento e análise de ESTs de café: identificação de elementos transponíveis ativos e de cassetes de TEs em genes transcritos, BP.TT
• Assunto(s): Expressão gênica Elementos de DNA transponíveis Genômica comparativa
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: cassetes de TEs | Elementos transponíveis | expressão gênica | genômica comparativa | macroarranjos | Genética e Evolução de Elementos Transponíveis

Resumo

Mesmo diante do grande interesse econômico sobre a produção cafeeira, havia nenhuma informaçãodisponível na literatura com relação à análise de elementos de transposição (TEs) em espécies deCoffea até a publicação de nossos estudos (LOPES et al., 2008). Adicionalmente, ainda não há naliteratura estudos sobre a expressão de genes hospedeiros contendo fragmentos de TEs, nem mesmocenário geral da expressão de TEs ativos em decorrência da ausência de estudos comparativos emdiferentes tecidos e condições de estresse. Além disso, a dinâmica de tolerância ou ativação de TEsem relação as diferenças de ploidia entre espécies parentais e descendentes híbridas ainda não foiabordada em escala genômica. Estas três considerações apontam para a relevância da caracterizaçãoda atividade transcricional de TEs e de genes contendo TEs em diferentes tecidos nas três espécies deCoffea (C. arabica, C. canephora e C. racemosa); como também, justificam a análise da ativação datransposição de TEs e do aumento do número de cópias em decorrência da hibridização epoliploidização pela comparação da espécie híbrida poliplóide (C. arabica) com suas parentaisdiplóides (C. canephora e C. eugenoides). Neste projeto, será caracterizada a expressão de 78 clonesde cDNA de TEs ativos e de 169 de genes contendo fragmentos de TEs por meio de análises demacroarranjos em sete tecidos (semente, calos, raiz, caule, folha, flor e fruto), e confirmada aexpressão de alguns clones nesses tecidos por meio de PCR quantitativa em Tempo Real. Para aanálise de possível ativação de TEs em espécies poliplóides, serão utilizadas as seqüências dos 72clones de C. arabica como sonda para análise de suas expressões por macroarranjos nos sete tecidossupramencionados nas espécies parentais (C. canephora e C. eugenoides). Os clones com maior emenor expressão nas espécies parentais serão selecionados para realização de Southern blot com o objetivo de avaliar o número de cópias genômicas desses TEs nessas nas três espécies. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

LOPES, FABRICIO R.; JJINGO, DAUDI; DA SILVA, CARLOS R. M.; ANDRADE, ALAN C.; MARRACCINI, PIERRE; TEIXEIRA, JOAO B.; CARAZZOLLE, MARCELO F.; PEREIRA, GONCALO A. G.; PEREIRA, LUIZ FILIPE P.; VANZELA, ANDRE L. L.; et al. Transcriptional Activity, Chromosomal Distribution and Expression Effects of Transposable Elements in Coffea Genomes. PLoS One, v. 8, n. 11, NOV 11 2013. (07/55985-0, 08/05894-1)