Análise da ocorrência de elementos de transposição em ESTs de três espécies de Coffea geradas pelo Projeto Genoma Café

Resumo

Mesmo diante do grande interesse econômico sobre a produção cafeeira, a quantidade de pesquisas biotecnológicas nessa cultura é relativamente limitada. Adicionalmente, nenhuma informação na literatura está disponível com relação à análise de elementos de transposição (TEs) em espécies de Coffea. Não há na literatura estudos que permitam traçar um cenário geral da expressão de TEs em plantas em decorrência da ausência de estudos comparativos em diferentes tecidos e condições de estresse. Além disso, a dinâmica de tolerância ou ativação de TEs em relação às diferenças de ploidia entre espécies parentais e descendentes híbridas ainda não foi abordada em escala genômica. Estas duas considerações apontam para a relevância da caracterização da atividade transcricional de TEs em diferentes tecidos nas três espécies de Coffea (C. arábica, C. canephora e C. racemosa); como também, justificam a análise da ativação da transposição de TEs e do aumento do número de cópias em decorrência da hibridização e poliploidização pela comparação da espécie híbrida poliplóide (C. arábica) com suas parentais diplóides (C. canephora e C. eugenóides). Neste projeto, serão obtidas as seqüências completas de 79 clones de cDNA que compreendem seqüências de TEs putativamente completas e ativas de C. arábica (74), C. racemosa (04) e C. canephora (01) para uma caracterização do grau de conservação dessas seqüências em comparação com TEs de referência. Será também caracterizada a expressão desses clones por meio de análises de microarrays em sete tecidos (semente, calos, raiz, caule, folha, flor e fruto), e confirmada à expressão de alguns clones nesses tecidos por meio de PCR quantitativa em Tempo Real. Para a análise de possível ativação de TEs em espécies poliplóides, serão utilizados os 74 clones de C. arábica como sonda para análise de suas expressões por microarray nos sete tecidos supramencionados nas espécies parentais (C. canephora e C. eugenóides). Os clones com maior e menor expressão nas espécies parentais serão selecionados para realização de Southern blot com o objetivo de avaliar o número de cópias genômicas desses TEs nessas três espécies. (AU)