Validator laboratory for the human transcript validation initiative

• Processo: 00/12490-2
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa GENOMA
• Data de Início da vigência: 01 de dezembro de 2000
• Data de Término da vigência: 30 de junho de 2003
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Enilza Maria Espreafico
• Beneficiário: Enilza Maria Espreafico
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Assunto(s): Genomas Técnica ORESTES Etiquetas de sequências expressas Genoma Humano do Câncer
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Est | Genome | Mrna | Orestes | Transcriptome

Resumo

O principal objetivo do Projeto Genoma Humano Internacional (HGP) é identificar e validar novos genes humanos para maior compreensão dos aspectos evolutivos e biológicos de nossa espécie. Atualmente, o baixo número de genes identificados ou estruturalmente definidos deve-se, principalmente, à insuficiência de evidências biológicas que suportem as predições computacionais. Dentro deste contexto, o projeto Genoma Humano do Câncer (HCGP), lançado pela FAPESP e pelo Instituto Ludwig, estendeu-se a “Transcript Finishing Initiative” (TFI), com o objetivo de determinar estruturas gênicas e gerar sequências de novos genes a partir de fragmentos parciais de cDNA. Integrando-se estas informações, criou-se uma interface gráfica que permite predizer estruturas gênicas tendo pares de ESTs convencionais ou ORESTES (sequências expressas), que determinam “clusters” não muito distantes e que não se sobrepõem, como partes integrantes destes prováveis genes. De acordo com as sequências das ESTs foram construídos pares de “primers” para confirmar novos transcritos baseados nestas predições. Os fragmentos parciais gerados por RT-PCR (TFs) foram subclonados e sequenciados de forma a validar e completar a estrutura destes genes: se a sequência obtida integrar as duas ESTs, indica que são partes do mesmo transcrito. (AU)