Sequenciamento e análise de ESTs de cana-de-açúcar

• Processo: 99/02846-5
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa GENOMA
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 1999
• Data de Término da vigência: 31 de maio de 2002
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Luis Eduardo Aranha Camargo
• Beneficiário: Luis Eduardo Aranha Camargo
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Assunto(s): Genômica Análise de sequência de DNA Genoma Cana-de-Açúcar - SucEST
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Analise Genomica | Est | Genes De Resistencia | Microssatelites | Sequenciamento Genomico

Resumo

O presente projeto objetiva o sequenciamento de 16.000 ESTs (Expressed Sequenced Tags) obtidos de bibliotecas de DNA complementar de cana-de açúcar representativas de genes expressos em calos de cultura, meristema apical, raízes etc. O método de sequenciamento utilizado será o de sequenciamento por PCR e terminadores DDNTPs marcados com moléculas fluorescentes (Big Dyes – Perkin Elmer) em um aparelho ABI 377 Perkin Elmer. As leituras que apresentarem um mínimo de 300 bases com qualidade acima de 20, segundo o programa phredPhrap, serão submetidas para comparação com sequências depositadas em bancos de sequências. Especial atenção será despendida em casos onde a sequência mostrar homologia com genes de conhecida função em mecanismos de resistência de plantas a patógenos, bem como em casos de sequências repetidas em tandem que podem ser utilizadas como marcadores microssatélites. (AU)