Estudos do mecanismo progressivo de degradação de RNA pelo exossomo de Archaea Insights into the mechanism of progressive RNA degradation by the archaeal exosome

• Processo: 08/02648-0
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
• Data de Início da vigência: 01 de maio de 2008
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2008
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
• Pesquisador responsável: Beatriz Gomes Guimarães
• Beneficiário: Beatriz Gomes Guimarães
• Instituição Sede: Associação Brasileira de Tecnologia de Luz Síncrotron (ABTLuS). Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação (Brasil). Campinas , SP, Brasil
• Assunto(s): Cristalografia de proteínas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: archaeal exosome | catalytic mechanism | RNA-bound structure | Cristalografia de Proteínas

Resumo

Inicialmente identificado em leveduras, o exossomo é um componente central da maquinaria celular de degradação e maturação de RNA, em archaea e eucariotos. Neste trabalho descrevemos uma série de estruturas a alta resolução do anel de RNase PH do exossomo de Pyrococcus abyssi, uma delas contendo três fitas de RNA ligadas à câmara catalítica do exossomo e descrevemos novas interações com nucleotídos nas posições N5 e N7. Resíduos dos três heterodímeros Rrp41-Rrp42 interagem com uma única fita de RNA, fornecendo evidências da relevância funcional da estrutura quaternária do exossomo para o processamento de RNA. Além disso, uma estrutura ligada a ADP mostrou o rearranjo estrutural do nucleotídeo ligado ao sítio N1, sugerindo um mecanismo para eliminação do nucleosídeo difosfato após da catálise. Em combinação com ensaios de degradação de RNA, nossos dados estruturais permitem a proposta de um modelo para o mecanismo de degradação que integra os eventos de clivagem catalítica, eliminação do produto e translocação da fita de RNA. Finalmente, comparações estruturais entre os exossomos de archaea e humano fornecem uma possível explicação para a inabilidade do exossomo de eucariotos para catalisar a reação de degradação de RNA depentente de fosfato. (AU)