Estudos por simulações Monte Carlo e de dinâmica molecular da influência da hidratação e da hidrofobicidade dos aminoácidos nos processos de formação das estruturas secundária e terciária de proteínas

• Processo: 03/11394-8
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa Primeiros Projetos
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2004
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2004
• Área do conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Química - Físico-química
• Acordo de Cooperação: CNPq - Programa Primeiros Projetos
• Pesquisador responsável: Roosevelt Alves da Silva
• Beneficiário: Roosevelt Alves da Silva
• Instituição Sede: Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto (FFCLRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Vinculado à bolsa: 01/13970-0 - Estudos por simulações Monte Carlo e de dinâmica molecular da influência da hidratação e da hidrofobicidade dos aminoácidos nos processos de formação das estruturas secundária e terciária de proteínas, BP.PD
• Assunto(s): Solvatação Proteínas Simulação de dinâmica molecular Método de Monte Carlo
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Dinamica Molecular | Energia De Solvatacao | Estrutura De Proteinas | Hidrofobicidade | Simulacao Molecular | Simulacao Monte Carlo

Resumo

Este estudo é destinado a aprofundar o entendimento dos principais ingredientes responsáveis pelo enovelamento de proteínas que são os efeitos hidrofóbicos e hidrofílicos. Será proposto um modelo para a energia de solvatação a fim de incorporar, efetivamente, as principais alterações ocorridas no solvente na presença de um soluto protéico. Diversos parâmetros de solvatação de grupos atômicos serão considerados como variáveis. Em função de diferentes ambientes químicos gerados pelos contatos cadeia-cadeia, os valores dos parâmetros de solvatação poderão ser redefinidos ao longo dos processos de enovelamento por meio de simulações Monte Cario (MC) e de dinâmica molecular (DM). Assim, através das simulações de DM, possíveis dependências dos parâmetros de solvatação poderão ser investigadas. Nos estudos a serem abordados por MC, o solvente será tratado adequadamente mediante as informações providas da DM. O papel do solvente no direcionamento de uma cadeia desenovelada a forma nativa é o principal foco de interesse neste trabalho. (AU)