De novo assembly and transcriptome analysis of contrasting sugarcane varieties

• Processo: 14/01771-3
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2014
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2014
• Área do conhecimento: Ciências Agrárias - Agronomia - Fitotecnia
• Pesquisador responsável: Anete Pereira de Souza
• Beneficiário: Anete Pereira de Souza
• Instituição Sede: Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Assunto(s): Melhoramento genético vegetal Análise de sequência de RNA Genômica Transcriptoma Cana-de-açúcar Genes Publicações de divulgação científica Artigo científico
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: cana-de-açúcar | genes | Genômica | RNA-seq | Transcriptoma | Melhoramento de Plantas

Resumo

A cana é uma cultura importante e uma grande fonte de açúcar e álcool. Neste estudo, foi realizada a montagem de novo e anotação do transcriptoma de seis genótipos de cana envolvidos em cruzamentos bi-parentais, a montagem de novo do transcriptoma da cana foi realizada utilizando RNA-Seq Illumina short read. Produzimos mais de 400 milhões de reads que foram reunidas em 72,269 unigenes. Por meio de uma busca de similaridade, os unigenes mostroram semelhança significativa com mais de 28.788 proteínas do sorgo, incluindo um conjunto de 5272 unigenes que não estão presentes nas bases de dados de EST de cana pública, é provável que muitas destes unigenes sejam genes da cana ainda não descritos. A partir desta coleção de unigenes, foram determinados um grande número de marcadores moleculares, incluindo 5.106 repetições simples sequência (SSRs) e 708.125 polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs). Este novo conjunto de dados será um recurso útil para futuros estudos genéticos e genômicos sobre esta espécie. (AU)