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De novo assembly and transcriptome analysis of contrasting sugarcane varieties

Processo: 14/01771-3
Modalidade de apoio:Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
Data de Início da vigência: 01 de março de 2014
Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2014
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Agronomia - Fitotecnia
Pesquisador responsável:Anete Pereira de Souza
Beneficiário:Anete Pereira de Souza
Instituição Sede: Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
Assunto(s):Melhoramento genético vegetal  Análise de sequência de RNA  Genômica  Transcriptoma  Cana-de-açúcar  Genes  Publicações de divulgação científica  Artigo científico 
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:cana-de-açúcar | genes | Genômica | RNA-seq | Transcriptoma | Melhoramento de Plantas

Resumo

A cana é uma cultura importante e uma grande fonte de açúcar e álcool. Neste estudo, foi realizada a montagem de novo e anotação do transcriptoma de seis genótipos de cana envolvidos em cruzamentos bi-parentais, a montagem de novo do transcriptoma da cana foi realizada utilizando RNA-Seq Illumina short read. Produzimos mais de 400 milhões de reads que foram reunidas em 72,269 unigenes. Por meio de uma busca de similaridade, os unigenes mostroram semelhança significativa com mais de 28.788 proteínas do sorgo, incluindo um conjunto de 5272 unigenes que não estão presentes nas bases de dados de EST de cana pública, é provável que muitas destes unigenes sejam genes da cana ainda não descritos. A partir desta coleção de unigenes, foram determinados um grande número de marcadores moleculares, incluindo 5.106 repetições simples sequência (SSRs) e 708.125 polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs). Este novo conjunto de dados será um recurso útil para futuros estudos genéticos e genômicos sobre esta espécie. (AU)

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