Deciphering the cis-regulatory elements for XYR1 and CRE1 regulators in Trichoderma reesei

• Processo: 14/09963-9
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2014
• Data de Término da vigência: 30 de novembro de 2014
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Bioquímica de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Roberto do Nascimento Silva
• Beneficiário: Roberto do Nascimento Silva
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 10/15683-8 - Estudos de sinalização celular e mecanismos de indução da formação de celulases pelo fungo Trichoderma reesei (Hypocrea jecorina), AP.BIOEN.JP
• Assunto(s): Biologia computacional Trichoderma reesei
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: cis-regulatory elements | cre1 | regulatory networks | Trichoderma reesei | xyr1 | bioinformatica

Resumo

Neste trabalho , nós relatamos a identificação in silico dos elementos cis - reguladores para proteínas XYR1 e CRE1 do fungo filamentoso Trichoderma reesei , dois reguladores que desempenham um papel central na expressão de genes de celulase . Usando quatro conjuntos de dados de genes dependentes da condição de RNA -seq e experiências RT qPCR , foi realizada a descoberta de motivo não supervisionado e encontrou dois motivos breves parecidas com o consenso de ligação proposto para XYR1 e CRE1 . Usando esses motivos , foi analisada a presença e disposição dos cis- regulatórias supostos elementos reconhecidos por ambos os reguladores e descobriu que os sitios com intervalos curtos foram mais associados com os promotores XYR1 e CRE1 dependentes que , sitios individuais de alta pontuação . Além disso , a abordagem aqui utilizada permite a identificação dos sítios de ligação XYR1 previamente relatados de cel7a e xyn1 promotores , e também mapeada a sequência alvo potencial para este regulador no promotor cel6a que tem sido sugeridos, mas não identificada anteriormente . Além disso, outros sete promotores (para cel7b , cel61a , cel61b , cel3c , cel3d , xyn3 e genes Swo ) apresentou um site XYR1 de ligação putativo , e fortes locais para CRE1 foram encontrados nos promotores xyr1 e cel7b . Usando as arquiteturas cis -regulação quase definidos para XYR1 e CRE1 , foi realizada a identificação do genoma do potencial metas para a regulação direta por ambas as proteínas e as diferenças importantes em seus regulons funcionais foram elucidadas . Finalmente , foi realizado o mapeamento local de ligação para os promotores de genes diferencialmente expressos encontrados em T. reesei, estirpes mutantes ou falta xyr1 CRE1 e descobriu que a regulação indireta desempenha um papel chave em suas vias de sinalização . Tomados em conjunto, os dados fornecidos aqui sombreia nova luz sobre os mecanismos de integração de sinal mediada por XYR1 e CRE1 em promotores de celulase . (AU)