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Construção de cepas mutantes de Trichoderma reesei e análise de elementos regulatórios para identificar e caracterizar novos genes com potencial biotecnológico na degradação de lignocelulose

Processo: 17/18987-7
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
Vigência (Início): 30 de novembro de 2017
Vigência (Término): 03 de junho de 2018
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
Pesquisador responsável:Juliana Velasco de Castro Oliveira
Beneficiário:Gustavo Pagotto Borin
Supervisor no Exterior: Astrid Mach-Aigner
Instituição-sede: Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais (CNPEM). Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovações e Comunicações (Brasil). Campinas , SP, Brasil
Local de pesquisa : Vienna University of Technology (TU Wien), Áustria  
Vinculado à bolsa:15/08222-8 - Análise da co-regulação transcricional e identificação de genes de interesse biotecnológico em Trichoderma reesei, BP.DR
Assunto(s):Trichoderma reesei

Resumo

No Brasil, bagaço de cana-de-açúcar tem sido proposto como um resíduo promissor para a produção de etanol de segunda geração (2G), devido a sua abundância e baixo custo. Entretanto, desafios biotecnológicos devem ser superados para que este combustível seja uma alternativa viável para os combustíveis fósseis. Neste contexto, é necessário reduzir o custo das enzimas utilizadas para desconstruir a lignocelulose e liberar açúcares fermentescíveis. O fungo Trichoderma reesei tem sido considerado um modelo para a degradação de celulose e suas enzimas já são utilizadas em vários coquetéis comerciais. Apesar de todo conhecimento adquirido, ainda não está completamente entendido como este fungo utiliza seu sistema celulolítico para descontruir a parede celular vegetal, nem os elementos regulatórios envolvidos neste processo. Recentemente, o transcriptoma de T. reesei RUT-C30 crescido em bagaço explodido de cana-de-açúcar foi investigado e vários genes diferencialmente expressos (DEGs) foram hiper-expressos nesta fonte de carbono, incluindo CAZymes, transportadores de açúcar, fatores de transcrição e genes não caracterizados que codificam proteínas com peptídeo sinal predito. A partir dos dados de RNA-Seq, uma análise de rede de co-expressão gênica foi realizada para identificar DEGs que foram co-expressos em bagaço e podem estar relacionados com a desconstrução da parede celular lignocelulósica. Em seguida, uma análise in silico foi conduzida para identificar motifs regulatórios de XYR1 e CRE1 na região promotora dos genes presentes na rede. Como parte do doutorado do estudante, cinco genes foram escolhidos para ser deletados ou superexpressos em T. reesei com o objetivo de elucidar suas funções na sacarificação da lignocelulose. Contudo, apesar de várias tentativas, o estudante não teve sucesso em transformar T. reesei. Esta técnica não se mostrou fácil de ser executada e seu êxito depende de vários fatores, como a cepa selecionada, protocolo e formação de protoplastos. Assim, um dos principais objetivos desta proposta é aprender e realizar a transformação de T. reesei no grupo de pesquisa da Dr. Astrid Mach-Aigner. Este grupo tem grande expertise em engenharia genética de T. reesei e tem contribuído ativamente para o conhecimento da biologia deste fungo, especialmente em relação à regulação transcricional de CAZymes durante a degradação de lignocelulose. Além disso, é proposto avaliar in vivo a influência do condensamento da cromatina na regulação de genes com motifs de XYR1/CRE1 preditos na região promotora nas condições de indução (celulose e lactose) e repressão (glicose), através de CHART-PCR. Esta metodologia é interessante para detectar a acessibilidade da cromatina e é realizada rotineiramente no grupo da Dr. Mach-Aigner. Ao final deste estágio, o conhecimento adquirido será útil para estudar novos genes potencialmente envolvidos na desconstrução da parede celular do bagaço. Os resultados encontrados podem ajudar a aumentar a eficiência dos coquetéis enzimáticos, melhorando as perspectivas para a viabilidade econômica do etanol 2G.

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
BONIN, GUSTAVO PAGOTTO; CARAZZOLLE, MARCELO FALSARELLA; CORREA DOS SANTOS, RENATO AUGUSTO; RIANO-PACHON, DIEGO MAURICIO; DE CASTRO OLIVEIRA, JULIANA VELASCO. Gene Co-expression Network Reveals Potential New Genes Related to Sugarcane Bagasse Degradation in Trichoderma reesei RUT-30. FRONTIERS IN BIOENGINEERING AND BIOTECHNOLOGY, v. 6, OCT 22 2018. Citações Web of Science: 1.

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