Caracterização do transcriptoma e descoberta de SNPs em espécies de Serrasalmidae: subsídios genéticos para a aquicultura

• Processo: 14/03772-7
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2014
• Data de Término da vigência: 30 de junho de 2016
• Área do conhecimento: Ciências Agrárias - Recursos Pesqueiros e Engenharia de Pesca - Aquicultura
• Pesquisador responsável: Diogo Teruo Hashimoto
• Beneficiário: Diogo Teruo Hashimoto
• Instituição Sede: Centro de Aquicultura (CAUNESP). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
• Município da Instituição Sede: Jaboticabal
• Assunto(s): Piscicultura Peixes Marcadores genéticos Transcriptoma Mapeamento genético Melhoramento genético animal Sequenciamento de nova geração Reação em cadeia da polimerase multiplex
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Marcadores Genéticos | Multiplex-PCR | Peixes | Piscicultura | sequenciamento de nova geração | Genética de Peixes

Resumo

As espécies de Serrasalmidae, pacu Piaractus mesopotamicus, pirapitinga Piaractus brachypomus e tambaqui Colossoma macropomum, representam o principal grupo de peixes nativos destinados para programas de melhoramento genético, devido à sua aceitação de mercado (nacional e internacional) e por corresponderem ao pescado mais produzido atualmente. Entretanto, é insuficiente a quantidade de informações genéticas disponíveis para estas espécies. A caracterização do transcriptoma, por meio de tecnologias de sequenciamento de nova geração (NGS), é um recurso eficiente para gerar alto volume de informações gênicas e prospecção de marcadores SNPs (single nucleotide polymorphisms), de forma rápida e baixo custo. O objetivo do presente projeto é caracterizar o transcriptoma de exemplares de pacu, pirapitinga e tambaqui, e realizar a descoberta de SNPs intra e interespecíficos, que serão obtidos por tecnologias NGS. A formação das bibliotecas de cDNA será obtida a partir do RNA total extraído do fígado de 10 indivíduos para cada espécie. O sequenciamento do transcriptoma será realizado na plataforma da Roche/454. As análises de bioinformática serão feitas para montagem de novo dos contigs, anotação funcional, descoberta e classificação dos SNPs. Os SNPs interespecíficos serão validados por meio do método PCR-Multiplex. Alem da introdução de novas tecnologias genéticas para a indústria da aquicultura brasileira, a perspectiva é que estas informações do transcriptoma e SNPs sejam utilizados para construção de mapas genéticos que, aliados aos estudos de desempenho zootécnico, permitirão acelerar o melhoramento genético e aumentar a produtividade deste importante grupo de peixes. (AU)

Publicações científicas

(10)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

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