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Caracterização do transcriptoma e descoberta de SNPs em espécies de Serrasalmidae: subsídios genéticos para a aquicultura

Processo: 14/03772-7
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Regular
Vigência: 01 de julho de 2014 - 30 de junho de 2016
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Recursos Pesqueiros e Engenharia de Pesca - Aquicultura
Pesquisador responsável:Diogo Teruo Hashimoto
Beneficiário:Diogo Teruo Hashimoto
Instituição-sede: Centro de Aquicultura (CAUNESP). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
Assunto(s):Piscicultura  Peixes  Marcadores genéticos  Transcriptoma  Mapeamento genético  Melhoramento genético animal  Sequenciamento de nova geração  Reação em cadeia da polimerase multiplex 

Resumo

As espécies de Serrasalmidae, pacu Piaractus mesopotamicus, pirapitinga Piaractus brachypomus e tambaqui Colossoma macropomum, representam o principal grupo de peixes nativos destinados para programas de melhoramento genético, devido à sua aceitação de mercado (nacional e internacional) e por corresponderem ao pescado mais produzido atualmente. Entretanto, é insuficiente a quantidade de informações genéticas disponíveis para estas espécies. A caracterização do transcriptoma, por meio de tecnologias de sequenciamento de nova geração (NGS), é um recurso eficiente para gerar alto volume de informações gênicas e prospecção de marcadores SNPs (single nucleotide polymorphisms), de forma rápida e baixo custo. O objetivo do presente projeto é caracterizar o transcriptoma de exemplares de pacu, pirapitinga e tambaqui, e realizar a descoberta de SNPs intra e interespecíficos, que serão obtidos por tecnologias NGS. A formação das bibliotecas de cDNA será obtida a partir do RNA total extraído do fígado de 10 indivíduos para cada espécie. O sequenciamento do transcriptoma será realizado na plataforma da Roche/454. As análises de bioinformática serão feitas para montagem de novo dos contigs, anotação funcional, descoberta e classificação dos SNPs. Os SNPs interespecíficos serão validados por meio do método PCR-Multiplex. Alem da introdução de novas tecnologias genéticas para a indústria da aquicultura brasileira, a perspectiva é que estas informações do transcriptoma e SNPs sejam utilizados para construção de mapas genéticos que, aliados aos estudos de desempenho zootécnico, permitirão acelerar o melhoramento genético e aumentar a produtividade deste importante grupo de peixes. (AU)

Publicações científicas (6)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
ANTONIO MASTROCHIRICO-FILHO, VITO; DEL PAZO, FELIPE; ELISSA HATA, MILENE; VANINA VILLANOVA, GABRIELA; FORESTI, FAUSTO; VERA, MANUEL; MARTINEZ, PAULINO; PORTO-FORESTI, FABIO; TERUO HASHIMOTO, DIOGO. Assessing Genetic Diversity for a Pre-Breeding Program in Piaractus mesopotamicus by SNPs and SSRs. GENES, v. 10, n. 9 SEP 2019. Citações Web of Science: 1.
JORGE, PAULO H.; MASTROCHIRICO-FILHO, VITO A.; HATA, MILENE E.; MENDES, NATALIA J.; ARIEDE, RAQUEL B.; DE FREITAS, MILENA VIEIRA; VERA, MANUEL; PORTO-FORESTI, FABIO; HASHIMOTO, DIOGO T. Genetic Characterization of the Fish Piaractus brachypomus by Microsatellites Derived from Transcriptome Sequencing. FRONTIERS IN GENETICS, v. 9, FEB 22 2018. Citações Web of Science: 4.
ARIEDE, RAQUEL B.; FREITAS, MILENA V.; HATA, MILENE E.; MATROCHIRICO-FILHO, VITO A.; UTSUNOMIA, RICARDO; MENDONCA, FERNANDO F.; FORESTI, FAUSTO; PORTO-FORESTI, FABIO; HASHIMOTO, DIOGO T. Development of microsatellite markers using next-generation sequencing for the fish Colossoma macropomum. MOLECULAR BIOLOGY REPORTS, v. 45, n. 1, p. 9-18, FEB 2018. Citações Web of Science: 3.
ARIEDE, RAQUEL B.; FREITAS, MILENA V.; HATA, MILENE E.; MASTROCHIRICO-FILHO, VITO A.; PILARSKI, FABIANA; BATLOUNI, SERGIO R.; PORTO-FORESTI, FABIO; HASHIMOTO, DIOGO T. Microsatellites Associated with Growth Performance and Analysis of Resistance to Aeromonas hydrophila in Tambaqui Colossoma macropomum. FRONTIERS IN GENETICS, v. 9, JAN 18 2018. Citações Web of Science: 3.
MASTROCHIRICO-FILHO, VITO ANTONIO; HATA, MILENE ELISSA; SATO, LUCAS SEITI; JORGE, PAULO HENRIQUE; FORESTI, FAUSTO; RODRIGUEZ, MANUEL VERA; MARTINEZ, PAULINO; PORTO-FORESTI, FABIO; HASHIMOTO, DIOGO TERUO. SNP discovery from liver transcriptome in the fish Piaractus mesopotamicus. CONSERVATION GENETICS RESOURCES, v. 8, n. 2, p. 109-114, JUN 2016. Citações Web of Science: 4.
HASHIMOTO, DIOGO T.; PRADO, FERNANDA D.; FORESTI, FAUSTO; PORTO-FORESTI, FABIO. Molecular identification of intergenus crosses involving catfish hybrids: risks for aquaculture production. Neotropical Ichthyology, v. 14, n. 2 2016. Citações Web of Science: 2.

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