Em tempo real, rápida detecção e sequenciamento de arbovírus no Brasil: Zika, dengue, Chikungunya e febre amarela

• Processo: 17/08012-9
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2017
• Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2019
• Área do conhecimento: Ciências da Saúde - Medicina - Clínica Médica
• Acordo de Cooperação: University of Birmingham
• Pesquisador responsável: Ester Cerdeira Sabino
• Beneficiário: Ester Cerdeira Sabino
• Pesquisador Responsável no exterior: Nicholas Loman
• Instituição Parceira no exterior: University of Birmingham , Inglaterra
• Instituição Sede: Instituto de Medicina Tropical de São Paulo (IMT). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Município da Instituição Sede: São Paulo
• Assunto(s): Doenças negligenciadas Arbovirus
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Arbovírus | Brazil | Minion | sequenciamento | Doenças Tropicais

Resumo

As infecções por arbovírus no Brasil, incluindo Zika, chikungunya, dengue e febre amarela, resultam em consideráveis morbidades e mortalidades e ainda, preocupações de saúde pública. No entanto, a nossa compreensão destes surtos é dificultada pela disponibilidade limitada de dados de vigilância epidemiológica. Tipicamente, estes dados são gerados por ensaios de diagnóstico molecular que são caros e carecem de especificidade. Consequentemente, temos uma compreensão limitada das interações entre arbovírus em populações humanas e de mosquitos no Brasil, como demonstrado pelo vírus Zika no Brasil, onde a detecção foi adiada pelo menos um ano após o início do surto. Recentemente fomos pioneiros de uma nova abordagem para a vigilância de arboviroses utilizando um sequenciador portátil, que utiliza tecnologia nanopore para sequenciamento em tempo real - a chamada "epidemiologia genômica".Isso permite uma detecção sensível e atribuição em genótipos virais. No entanto, atualmente, os custos e a complexidade dessa poderosa técnica (cerca de US $ 100) atualmente impedem sua utilização como uma ferramenta de vigilância de rotina em ambientes de laboratório de pesquisa e de saúde pública. Nesta proposta pretendemos resolver três problemas prementes com o sequenciamento portátil para detecção de arbovírus. Esta proposta irá continuar uma colaboração altamente produtiva entre a Universidade de São Paulo, a Universidade de Birmingham e a Universidade de Nottingham, que já resultou em publicações de alto impacto na revista Nature e Nature Protocols (Faria et al., 2017, Quick et al . 2017). Por meio do treinamento da aluna Ingra Morales, uma jovem pesquisadora de talento, durante uma visita de pesquisa de três meses no Reino Unido e depois aplicando os resultados desta pesquisa a coleções de amostras de alta qualidade existentes na Universidade de São Paulo, este projeto terá um impacto imediato sobre a vigilância de arbovírus no Brasil e nossa compreensão deste urgente problema de saúde pública. (AU)