Análise comparativa in silico da expressão diferencial em três espécies de café visando caracterização de genes de importância biotecnológica

• Processo: 07/51031-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2007
• Data de Término da vigência: 30 de abril de 2010
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Gonçalo Amarante Guimarães Pereira
• Beneficiário: Ramon Oliveira Vidal
• Instituição Sede: Instituto de Biologia (IB). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Assunto(s): Café Coffea Polimorfismo genético Transcriptoma
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Cafe | Identificacao De Genes | Modelagem Funcional | Polimorfismo | Transcriptoma | Vias Metabolicas

Resumo

O Café é um dos principais produtos agrícolas brasileiros, sendo responsável por um terço da exportação mundial do produto. As espécies mais cultivadas no mundo são Coffea arabica e Coffea canephora. A primeira é uma planta que produz uma bebida de melhor qualidade, porém C. canephora é mais resistente a pragas e pestes. A outra espécie, C. racemosa, é objeto de estudo por suas características de florescimento que são bastante favoráveis ao aumento da qualidade e facilidade na colheita, diminuindo o custo de produção. Essas características fenotípicas podem ser estudadas através da análise de transcritos dessas três espécies e do mapeamento de um conjunto de genes alvo para programas de melhoramento genético. Propomos um estudo in silico para realizar essa tarefa de análise de transcriptoma partindo de uma montagem por sobreposição de todos os ESTs sequenciados das três espécies, contidos em bibliotecas de cDNA obtidas de vários tecidos em diversas condições. As sequências resultantes da montagem serão analisadas quanto à presença de polimorfismos e quanto a sua presença ou ausência em cada espécie e biblioteca. Serão utilizados métodos para identificar genes nessas sequências, e suas funções poderão ser inferidas comparando-as com diversos bancos de dados. Esta anotação automática auxiliará na modelagem funcional de cada uma das espécies. Assim, o projeto visa compreender como diferenças nos genes expressos das três espécies de café podem afetar características de importância agronômica. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

VIDAL, RAMON OLIVEIRA; COSTA MONDEGO, JORGE MAURICIO; POT, DAVID; AMBROSIO, ALINNE BATISTA; ANDRADE, ALAN CARVALHO; PROTASIO PEREIRA, LUIZ FILIPE; COLOMBO, CARLOS AUGUSTO; ESTEVES VIEIRA, LUIZ GONZAGA; CARAZZOLLE, MARCELO FALSARELLA; GUIMARAES PEREIRA, GONCALO AMARANTE. A High-Throughput Data Mining of Single Nucleotide Polymorphisms in Coffea Species Expressed Sequence Tags Suggests Differential Homeologous Gene Expression in the Allotetraploid Coffea arabica. Plant Physiology, v. 154, n. 3, p. 1053-1066, NOV 2010. (07/51031-2, 00/10154-5)

MONDEGO, JORGE M. C.; VIDAL, RAMON O.; CARAZZOLLE, MARCELO F.; TOKUDA, ERIC K.; PARIZZI, LUCAS P.; COSTA, GUSTAVO G. L.; PEREIRA, LUIZ F. P.; ANDRADE, ALAN C.; COLOMBO, CARLOS A.; VIEIRA, LUIZ G. E.; et al. An EST-based analysis identifies new genes and reveals distinctive gene expression features of Coffea arabica and Coffea canephora. BMC PLANT BIOLOGY, v. 11, FEB 8 2011. (07/51031-2)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

VIDAL, Ramon Oliveira. Avaliação in silico do transcriptoma do café: identificação de SNPs e inferência de mecanismos de regulação da expressão gênica. 2010. Tese de Doutorado - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Biologia Campinas, SP.