Análise comparativa in silico da expressão diferencial em três espécies de café visando caracterização de genes de importância biotecnológica

Resumo

O Café é um dos principais produtos agrícolas brasileiros, sendo responsável por um terço da exportação mundial do produto. As espécies mais cultivadas no mundo são Coffea arabica e Coffea canephora. A primeira é uma planta que produz uma bebida de melhor qualidade, porém C. canephora é mais resistente a pragas e pestes. A outra espécie, C. racemosa, é objeto de estudo por suas características de florescimento que são bastante favoráveis ao aumento da qualidade e facilidade na colheita, diminuindo o custo de produção. Essas características fenotípicas podem ser estudadas através da análise de transcritos dessas três espécies e do mapeamento de um conjunto de genes alvo para programas de melhoramento genético. Propomos um estudo in silico para realizar essa tarefa de análise de transcriptoma partindo de uma montagem por sobreposição de todos os ESTs sequenciados das três espécies, contidos em bibliotecas de cDNA obtidas de vários tecidos em diversas condições. As sequências resultantes da montagem serão analisadas quanto à presença de polimorfismos e quanto a sua presença ou ausência em cada espécie e biblioteca. Serão utilizados métodos para identificar genes nessas sequências, e suas funções poderão ser inferidas comparando-as com diversos bancos de dados. Esta anotação automática auxiliará na modelagem funcional de cada uma das espécies. Assim, o projeto visa compreender como diferenças nos genes expressos das três espécies de café podem afetar características de importância agronômica. (AU)