Desenvolvimento de um algoritmo para identificação e caracterização de cavidades em regiões específicas de estruturas tridimensionais de proteínas.

• Processo: 09/06433-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2009
• Data de Término da vigência: 31 de maio de 2011
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Química de Macromoléculas
• Pesquisador responsável: Paulo Sergio Lopes de Oliveira
• Beneficiário: Saulo Henrique Pires de Oliveira
• Instituição Sede: Instituto do Coração Professor Euryclides de Jesus Zerbini (INCOR). Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da USP (HCFMUSP). Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional Elementos estruturais de proteínas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | Cavidades | estrutura de proteínas | Estrutura de Proteínas

Resumo

A identificação e caracterização de cavidades em proteínas são deverasimportantes, haja vista que são capazes de prover informações que otimizam oprocesso de desenho de drogas e de caracterização funcional de sítios deligação. Propomos neste projeto o desenvolvimento de um software paramapeamento de cavidades cuja gama de qualidades se faz ausente nos softwaresatuais, tais como eficiência, flexibilidade e agilidade. Para isso, utilizaremosum método de grade tridimensional para extração das cavidades Definida acavidade, calcularemos o volume da mesma utilizando um método de integraçãonumérica (tornando um erro disponível) e determinaremos a forma e a extensãoda superfície da cavidade encontrada, fazendo uma possível integração comalgum software gráfico para a visualização da mesma. Em seguida, realizaremos omapeamento das propriedades eletrostáticas da superfície encontrada,permitindo assim uma melhor caracterização físico-química desse sítio deligação. A validação do algoritmo através de aplicações biológicas, como adescrição de diferentes tipos de cavidades, características de sítios deligação de enzimas e receptores.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

OLIVEIRA, SAULO H. P.; FERRAZ, FELIPE A. N.; HONORATO, RODRIGO V.; XAVIER-NETO, JOSE; SOBREIRA, TIAGO J. P.; DE OLIVEIRA, PAULO S. L.. KVFinder: steered identification of protein cavities as a PyMOL plugin. BMC Bioinformatics, v. 15, JUN 17 2014. (09/06433-0)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

OLIVEIRA, Saulo Henrique Pires de. Desenvolvimento de um algoritmo para identificação e caracterização de cavidades em regiões específicas de estruturas tridimensionais de proteínas. 2011. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Matemática e Estatística (IME/SBI) São Paulo.